Manfred Zapatka wurde am 2. Oktober 1942 in Bremen geboren und wuchs in Cloppenburg auf. Er absolvierte von 1962 bis 1965 eine Ausbildung an der Schauspielschule Bochum (damals: Westfälische Schauspielschule). Während dieser Zeit gab er sein Kinodebüt mit einem kleinen Auftritt in Wolfgang Staudtes "Das Lamm" (1964).

Nach seiner Ausbildung erhielt Zapatka erste Engagements am Theater Freiburg (1966-68) und am Theater Essen (1968-72). Mitte der 1970er Jahre wurde er von Claus Peymann ans Stuttgarter Staatstheater geholt, wo unter dessen Leitung politisch aufgeladene Inszenierungen auf die Bühne kamen. Über mehrere Jahre verband Zapatka und Peymann eine enge künstlerische Zusammenarbeit. Parallel dazu spielte Zapatka erste Fernsehrollen, etwa als Kriminalkommissar in der Serie "Eurogang" (1975-76) oder als eifersüchtiger Freund in der lesbischen Liebesgeschichte "Das Ende der Beherrschung" (1976) von Gabi Kubach.

Als Claus Peymann im Jahr 1979 auf Druck konservativer Politiker Stuttgart verließ und ans Schauspielhaus Bochum wechselte, verließ auch Zapatka das Stuttgarter Staatstheater. Er ging an die Münchner Kammerspiele, wo er bald zu einem der wichtigsten Darsteller des Intendanten und Regisseurs Dieter Dorn avancierte (bis zu dessen Abgang im Jahr 2001). Zu seinen bedeutendsten Münchner Rollen zählen der Graf von Leicester in Schillers "Maria Stuart" (1979), Robespierre in "Dantons Tod" (1980), die Titelrolle in Goethes "Torquato Tasso" (1984) und die Titelrolle in der Uraufführung von Tankred Dorsts "Die Legende vom armen Heinrich" (1997).

Parallel zu seiner Theaterarbeit betätigte Zapatka sich ab Anfang der 1980er Jahre (also nach seinem Wechsel nach München) verstärkt auch als Film- und (vor allem) Fernsehschauspieler. In dem Historiendrama "Preußische Nacht" (1981, TV) verkörperte er August Wilhelm von Preußen; in Franz Peter Wirths Goethe-Adaption "Egmont" (1982, TV) spielte er die Titelrolle eines Grafen im von Spanien besetzten Holland.

Der endgültige Durchbruch als Filmschauspieler kam für Zapatka mit seiner ersten Kinohauptrolle: In Sohrab Shahid Saless' "Utopia" (1983), der im Wettbewerb der Berlinale 1983 Premiere feierte. Darin spielte er einen elegant aussehenden, aber äußerst brutalen Zuhälter, der in einer zum Bordell umgestalteten Berliner Wohnung ein grausames Regiment über fünf Prostituierte führt. Bis heute gilt diese Rolle als eine von Zapatkas stärksten Leistungen. Er spielte den unerbittlichen Zuhälter Heinz als grausame Mischung aus Spießer und Kapitalist: "Jeden Pfennig, den ich hier investiert habe, hol' ich aus euch raus", sagt er einmal. Wie Zapatka bei einer Vorführung im Wiener Filmmuseum 2010 erklärte, nahmen Saless und er auch Alain Delons Charakter aus "Le Samourai" ("Der eiskalte Engel", FR 1967) als Vorbild für den Luden Heinz.

Trotz des großen Kritikerlobs für seine intensive Leistung in "Utopia" (und, so Zapatka, mancher Anfeindungen durch Zuschauer, die nicht zwischen Rolle und Schauspieler unterscheiden konnten) spielte er danach fast ausschließlich Fernsehrollen. Mit Saless drehte er fürs Fernsehen das Beziehungsdrama "Empfänger unbekannt" (1983), in dem er den verlassenen Ehemann der Hauptfigur gab, und einige Jahre später das Sozialdrama "Rosen für Afrika" (1991), in dem er aber nur eine Nebenrolle hatte.

Einem breiten Publikum wurde Zapatka durch seine Rolle als intriganter Pferdebesitzer in der populären Serie "Rivalen der Rennbahn" (1989) bekannt. Im gleichen Jahr hatte er in dem Vierteiler "Fabrik der Offiziere" die Hauptrolle des Oberleutnants Karl Krafft.

Auch in den 1990er Jahren wirkte Manfred Zapatka in einer Vielzahl an Fernsehproduktionen mit. Zu seinen wichtigsten TV-Rollen dieser Zeit gehören ein vulgärer Zuhälter in Xaver Schwarzenbergers "Der Absturz" (1990), ein Geschwaderrichter in Frank Beyers Zweiter-Weltkriegsdrama "Das letzte U-Boot" (1992), ein Kaufhausmanager in Dieter Wedels "Der große Bellheim" (1992), Altkanzler Helmut Schmidt in Heinrich Breloers hoch gelobtem Dokudrama "Todesspiel" (1997), sowie ein verhasster Schürzenjäger in Julian Pölslers Heimatdrama "Der Schandfleck" (DE/AT 1999). Außerdem sah man ihn in zahlreichen Seriengastrollen.

Im Kino hingegen machte Zapatka sich auch in den 1990ern sehr rar. Er verkörperte einen an Bertolt Brecht angelehnten Dichter in Franz Seitz' Historiendrama "Erfolg" (1991) und einen Gläubiger in der Kiezkomödie "Ebbies Bluff" (1993). Eine Hauptrolle hatte er als Trinkhallen-Stammkunde in dem Kammerspiel "Frankfurter Kreuz" (DE/FR 1998), bei dem Romuald Karmakar Regie führte – der nach eigenem Bekunden bereits seit "Utopia" ein großer Bewunderer von Zapatkas Schauspielkunst war.

In den nächsten Jahren arbeiteten Karmakar und Zapatka mehrfach zusammen: Im Ensemble von "Manila" (2000) spielte Zapatka einen am Flughafen von Manila gestrandeten Reisenden; in "Das Himmler-Projekt" (2000) trug er eine berüchtigte, mehrstündige Rede Heinrich Himmlers vor – für dieses Filmexperiment erhielten die beiden einen Grimme-Spezialpreis. Karmakars Jon-Fosse-Adaption "Die Nacht singt ihre Lieder" (2004) zeigte ihn als Vater von Frank Gierings Hauptfigur; und in "Hamburger Lektionen" (2006), einer Art Gegenstück zu "Das Himmler-Projekt", verlas Zapatka Hasspredigten des Hamburger Imams Mohammed Fazazi.

Daneben wirkte Zapatka während der 2000er Jahre vereinzelt auch in Kinofilmen anderer Regisseure mit. In Züli Aladags Boxerdrama "Elefantenherz" (2002) war er ein zwielichtiger Box-Promoter. In Christoph Hochhäuslers "Falscher Bekenner" (2005), Matthias Glasners "Der freie Wille" (2006) und Michael Hofmanns "Eden" (DE/CH 2006) spielte er charakterlich höchst unterschiedliche Vaterfiguren. Nach einer Nebenrolle in der Culture-Clash-Komödie "Offset" (2006) glänzte er in Bastian Günthers tragikomischem Ensemble-Film "Autopiloten" (2007) als abgehalfterter Schlagersänger – dieser Part sollte für zwölf Jahre Zapatkas letzte Kinorolle bleiben.

Stattdessen konzentrierte er sich wieder ganz auf seine Fernseh- und Theaterarbeit. In der viel gelobten Krimiserie "KDD - Kriminaldauerdienst" (2007-2010) spielte er eine Hauptrolle als alkoholkranker, aufbrausender Kommissar – für diesen Part erhielt er 2008, stellvertretend für das Darstellerteam, den Grimme-Preis (zusammen mit dem Autor Orkun Ertener und der Produzentin Kathrin Breininger); 2009 bekam er für seine "KDD"-Darstellung den Bayerischen Fernsehpreis.

Außerdem hatte Zapatka Serien-Gastrollen unter anderem in "Tatort", "Polizeiruf 110" und "SOKO Leipzig". Wichtige Fernsehspiel-Parts waren ein Professor in dem Mystery-Thriller "Schreie der Vergessenen" (2011), ein durch ein RAF-Attentat traumatisierter Ex-Polizist in "In den besten Jahren" (2011), ein pensionierter Ermittler in "Besondere Schwere der Schuld" (2014) und ein kühl berechnender Banker in Marc Bauders "Dead Man Working" (2016). Dies sind jedoch nur ein paar wenige Beispiele aus einer TV-Filmographie, die inzwischen über 90 Titel umfasst (an die 200, wenn man alle Serienfolgen mitrechnet).

Auch am Theater ist Zapatka bis heute aktiv. Unter der Regie von Dieter Wedel spielte er in einer Inszenierung von "Jud Süß" (am Mannheimer Schloss 2011) den Remchingen. Als langjähriges Ensemble-Mitglied des Münchner Residenztheaters wirkte er unter anderem in Inszenierungen von "Robin Hood" (als König John), "Der Sturm" (als Prospero) und "Der Kirschgarten" (als Bruder der Ranjewskaja) mit; 2018 sah man ihn in "Insgeheim Lohengrin" und "Junk". Ebenfalls 2018 gab er in dem zweiteiligen TV-Thriller "Der Staatsfeind" einen intriganten MAD-General. Mit Edward Bergers "All My Loving" (2019) wirkte er auch wieder in einem Kinofilm mit - in einer Paraderolle als eiskalter, zynischer Vater.

Diesem Auftritt folgte eine zentrale Rolle an der Seite von Elyas M'Barek und Franco Nero in der Ferdinand-von-Schirach-Verfilmung "Der Fall Collini" (2019) als betagter Industrieller, der einem Mord zum Opfer fällt. Anschließend war Zapatka erneut mehrfach im Fernsehen zu sehen – unter anderem 2019 als pensionierter Polizeihauptmeister in Jan Bonnys Grimme-Preis-gekröntem Drama über Polizeigewalt "Wir wären andere Menschen", in dem er ebenfalls einem Rachemord zum Opfer fällt. Zur erneuten Zusammenarbeit mit Bonny kam es 2023, diesmal für "Freiheit ist das Einzigste, was zählt". In der im Reichsbürger-Milieu angesiedelten Serie spielte er an der Seite von Bibiana Beglau einen Verschwörer, der mit seiner Gruppe die letzten Vorbereitungen zur Revolution trifft. 

Für sein autobiografisch gefärbtes Drama "Im Haus meiner Eltern", das im April 2025 in die Kinos kam, besetzte Tim Ellrich Zapatka in einer Nebenrolle als alternden, überforderten Vater eines schizophrenen Mannes.

Manfred Zapatka lebt in München. Seine Tochter Katharina Zapatka (aus seiner ersten Ehe mit der Schauspielerin Regine Vergeen) ist ebenfalls Schauspielerin.