Werner Krien wurde am 7. März 1912 in Berlin geboren. Sein Vater Paul Krien war Kameramann für die Ufa und galt als Spezialist für Natur-, Tier- und Wildaufnahmen. Von ihm erlernte Werner Krien das Kamera-Handwerk und war anschließend zunächst in einem Kopierwerk tätig, bevor er als Schnittmeister und Regieassistent zur Terra Film ging.

Ab 1931 arbeitete er für einige Jahre als Kameraassistent, zum Beispiel mit Werner Brandes bei Gerhard Lamprechts "Emil und Detektive" (1931) und mit Karl Vass und Fritz Arno Wagner bei Fritz Langs "Das Testament des Dr. Mabuse" (1933). Als Assistent Wagners war Krien außerdem an Gustav Ucickys Propagandafilm "Flüchtlinge" (1933), Paul Wegeners "Ein Mann will nach Deutschland" (1934), Reinhold Schünzels "Amphytrion" (1935) und Ucickys "Savoy-Hotel 217" (1936) beteiligt. Bei dem Revolutionsdrama "Schwarze Rosen" (1935) mit Lilian Harvey und Willy Fritsch fungierte er neben Wagner als Kameramann (allerdings ohne Nennung). Daneben drehte Krien als verantwortlicher Kameramann eine Reihe kurzer Dokumentar- und Spielfilme, etwa "Ein Garten Eden" (1932) und "Wer hat Angst vor Marmaduke?" (1937).  

Sein offizielles Debüt als Kameramann bei einem Langfilm gab Werner Krien 1938 bei "L'Étrange M. Victor" ("Der merkwürdige Monsieur Victor"), einem französischen, in Berlin von der Ufa produzierten Kriminaldrama. Bald avancierte er zu einem der gefragtesten Kameramänner der Ufa. Zu seinen Arbeiten gehörten das Liebesdrama "Ein Mädchen geht an Land" (1938), einschlägige NS-Propagandafilme wie "Drei Unteroffiziere" (1939) und "...Über alles in der Welt" (1941), aber auch die bedeutenden Hans-Albers-Farbfilme "Münchhausen" (1943) und "Große Freiheit Nr. 7" (1944). Über letzteren schrieb die Wiesbadener Murnau-Stiftung 2019: "Mit seinem ersten Farbfilm vollbrachte Regisseur Helmut Käutner zusammen mit Kameramann Werner Krien ein farbdramaturgisches Wunder."

Nach Kriegsende und dem Ende des Nazi-Regimes arbeitete Krien kurzzeitig für die DEFA, etwa bei Gerhard Lamprechts Trümmerfilm-Klassiker "Irgendwo in Berlin" (1946). Ab 1947 war er nur noch für bundesdeutsche und West-Berliner Produktionsfirmen wie die CCC Film tätig. Schnell wurde Krien auch hier zu einem sehr gefragten Kameramann. Er zeichnete bei Klassikern wie Eugen Yorks eindringlichem Holocaust-Drama "Morituri" (1948), Helmut Weiss' Zirkusfilm "Tromba" (1949) und Helmut Käutners Noir "Epilog" (1950) für die prägnante Schwarzweiß-Bildgestaltung verantwortlich.

Vor allem aber machte er sich im Farbfilm einen Namen, mit seinen ausgefeilten Dramaturgien bei "Königliche Hoheit" (1953), "Rosen im Herbst" (1955) und "Salzburger Geschichten" (1957). Nicht unerwähnt sollen Kriens drei Filme mit dem einstigen NS-Filmgünstling Veit Harlan bleiben, "Unsterbliche Geliebte" (1951), "Hanna Amon" (1951) und "Die blaue Stunde" (1953), alle mit Kristina Söderbaum in der Hauptrolle, und alle von der Kritik sehr mäßig aufgenommen.

Eine besonders erfolgreiche Zusammenarbeit hingegen verband Krien mit Wolfgang Liebeneiner: mit ihm drehte er die überragend populären Heimatfilm-Klassiker "Die Trapp-Familie" (1956) und "Die Trapp-Familie in Amerika" (1958), das romantische Drama "Franziska" (1957), sowie den schwelgerischen Kostümfilm "Königin Luise" (1957). Auch diese Werke zeichneten sich nicht zuletzt durch ihre entschiedene Farbfilm-Gestaltung aus. So lobte der Kritiker Ernst Bohlius im Film-Echo, wie überzeugend Krien bei "Königin Luise" "mit seiner Farbkamera bunte höfische Pracht und die Weite des Ostens" eingefangen habe.

Weitere Erfolge mit Krien hinter der Kamera waren das Romy-Schneider-Drama "Mädchen in Uniform" (1958), über die Liebe einer Schülerin zu ihrer Lehrerin, und das Eddie-Constantine-Abenteuer "Bomben auf Monte Carlo" (1960). "Julia, du bist zauberhaft" (Regie: Alfred Weidenmann) war Ende 1961 seine vorerst letzte Filmarbeit: aus gesundheitlichen Gründen zog Krien sich zurück und gründete in Berlin eine Firma für Werbe- und Industriefilme.  

1965 trat er noch einmal hinter die Kamera, für "La Bohème" (1965, Regie: Wilhelm Semmelroth), einem Opernfilm zu Franco Zeffirellis Inszenierung an der Mailänder Scala; Herbert von Karajan produzierte und dirigierte. Der Film kam damals allerdings nur in den USA und der DDR zur Aufführung.  

Am 6. März 1975 starb Werner Krien in Berlin.