Bevor Anja Pohl ihre Karriere als Editorin begann, studierte sie ab 1989 in München und Berlin Geschichte und Politische Wissenschaften. Zwischenzeitlich absolvierte sie 1991 bis 1992 den Studiengang "Allgemeine Gestaltung" an der Züricher Schule für Gestaltung. Zurück in Berlin folgten diverse Praktika und Assistenzen im Bereich Filmschnitt, so etwa bei Dieter Wedels "Der Schattenmann" (1995) und Klaus Maria Brandauers "Mario und der Zauberer" (1994). 

Seit 1996 ist Anja Pohl als freie Film- und Fernseh-Editorin tätig. Für ihre Leistung bei dem vielfach preisgekrönten Dokumentarfilm "Die Geschichte vom weinenden Kamel" (2003) wurde sie 2004 bei dem Festival "film+" für den Schnittpreis nominiert. Daneben zählen Peter Thorwarths Gaunerkomödie "Bang Boom Bang" (1999), Dominik Wesselys Dokumentarfilm "Die Unzerbrechlichen" (2006) sowie Marcus H. Rosenmüllers Komödie "Wer früher stirbt, ist länger tot" (2006) zu ihren wichtigsten Arbeiten.  

Für den Schnitt des kulinarischen Dokumentarfilms "El Bulli – Cooking in Progress" (2010) erhielt Pohl den Deutschen Kamerapreis 2011. Neben dem Schnitt zeichnete Pohl für die Regie bei "Making of Heimat" (2013) verantwortlich, einer Doku, die das Entstehen der einflussreichen Filmreihe von Edgar Reitz aufbereitet. Zudem war Pohl Editorin bei "Wackersdorf" (2018), einem viel diskutierten Film über das titelgebende bayrische Städtchen, in dem in den 1980er Jahren eine atomare Wiederaufarbeitungsanlage gebaut werden sollte. Für diesen Schnitt wurde sie mit dem Bayrischen Filmpreis ausgezeichnet. 

Weitere Filme mit Pohl als Editorin waren zum Beispiel der Kinderfilm "Nellys Abenteuer" (2016) und der kontrovers diskutierte Dokumentarfilm "Elternschule" (2018). 2021 erhielt Pohl eine Nominierung für den Deutschen Filmpreis, für ihre Arbeit an dem Dokumentarfilm "Walchensee Forever" (2020), über die Geschichte der Vorfahrinnen der Regisseurin Janna Ji Wonders.  

Neben ihrer praktischen Filmarbeit unterrichtet Anja Pohl auch als Lehrbeauftragte an der Münchner Hochschule für Fernsehen und Film (HFF).