Claus-Jürgen Pfeiffer studierte Kunsterziehung und Graphik-Design an der Gesamthochschule Kassel und am National College of Art in Dublin. Seit 1979 arbeitet er als Art Director und Szenenbildner bei Fernseh- und Kinofilmen. So stattete er in seinen ersten Berufsjahren beispielsweise "Utopia" (1983) von Sohrab Shahid Saless und "King Kongs Faust" (1985) von Heiner Stadler aus, außerdem Martin Theo Kriegers "Zischke" (1986), aber auch die Dieter-Hallervorden-Komödie "Bei mir liegen Sie richtig" (1990). 

Bei Wolfgang Beckers Überraschungserfolg "Das Leben ist eine Baustelle" übernahm Pfeiffer neben dem Szenenbild auch eine kleine Rolle als Fernseh-Showmaster. Seit der viel beachteten Serien-Episode "Sperling und der brennende Arm" (1998) arbeitet er immer wieder mit Dominik Graf zusammen und ist maßgeblich am Look von dessen Filmen beteiligt. Zu den gemeinsamen Arbeiten zählen beispielsweise die Kinofilme "Der Felsen" (2002) und "Der rote Kakadu" (2006), die Fernsehfilme "Deine besten Jahre" (1999), "Hotte im Paradies" (2002), "Eine Stadt wird erpresst" (2006), "Das Gelübde" (2007) und Grafs Beitrag zur Trilogie "Dreileben", "Komm' mir nicht nach" (2011). Außerdem stattete er Dominik Grafs von der Kritik hoch gelobte, aufwändige TV-Serie "Im Angesicht des Verbrechens" (2010) aus. 

Neben seinen Arbeiten für Graf war Claus-Jürgen Pfeiffer Produktionsdesigner bei zahlreichen weiteren Fernsehproduktionen, häufig unter der Regie von Max Färberböck und Torsten C. Fischer, etwa bei mehreren Folgen der Reihen "Tatort" und "Bella Block". Auch für Matthias Glasners Krimi-Mehrteiler "Blochin" (2015) übernahm er das Szenenbild. 

Für seine Arbeit an Dominik Grafs opulentem historischem Drama um Friedrich Schiller, "Die geliebten Schwestern", wurde Pfeiffer 2015 für den Deutschen Filmpreis nominiert. Es folgten hierauf einige weitere TV-Spielfilme des Duos, so etwa "Am Abend aller Tage" (2016), "Der rote Schatten" (2017) und "Hanne" (2018).  

Als Drehbuchautor (Konzept) beteiligte sich Pfeiffer am Dokumentarfilm “Philip Rosenthal – Der Unternehmer, der nicht an den Kapitalismus glaubte“ über den deutschen Industriellen und Politiker (SPD), der mit seinen einzigartigen politisch-ökonomischen Ideen zu überraschen wusste.  

Mit "Fabian oder Der Gang vor die Hunde" (2021) arbeiteten Pfeiffer und Graf wieder an einer Kinoproduktion. Für das aufwendig zum Leben gebrachte Berlin der Weimarer Republik wurde Pfeiffer für den Deutschen Filmpreis 2021 nominiert.  

Von 2004 bis zu ihrem Tod im Jahr 2006 war Claus-Jürgen Pfeiffer mit der Schauspielerin Jenny Gröllmann verheiratet.