Peter Kern wurde am 13. Februar 1949 in Wien geboren. Nach Abschluss einer kaufmännischen Lehre nahm er Schauspielunterricht und gab sein Theaterdebüt an der Burgenländischen Landesbühne. Weitere Bühnenengagements, darunter eine mehrjährige Tournee mit dem Musical "Hair", folgten.

1971 spielte Kern eine Nebenrolle in Peter Lilienthals TV-Romanverfilmung "Jacob von Gunten", die den Beginn seiner profilierten Darstellerkarriere im deutschsprachigen Autorenkino markieren sollte: Rainer Werner Fassbinder besetzte Kern in Folge regelmäßig, u.a. in "Welt am Draht" (1973), "Faustrecht der Freiheit" (1974/1975) und "Bolwieser". Weiterhin wirkte er in Hans Jürgen Syberbergs "Hitler – Ein Film aus Deutschland" (1977) mit und spielte unter der Regie von Wim Wenders in "Falsche Bewegung" (1974/1975), für den er gemeinsam mit dem übrigen Ensemble einen Bundesfilmpreis bekam.

1978 erhielt Peter Kern die Auszeichnung erneut, diesmal als Bester Schauspieler für seine darstellerische Leistung in "Flammende Herzen" (1977/1978) von Walter Bockmayer und Rolf Bührmann. Im Verlauf der Jahre arbeitete Kern mit weiteren Autorenfilmern – von Hans W. Geißendörfer über Peter Zadek bis Werner Schroeter – zusammen, doch daneben trat er auch in populären Produktionen, wie etwa dem Kinderfilm "Neues vom Räuber Hotzenplotz" (1978/1979), auf.

1987 wechselte er für den Film "Eine Handvoll Vergnügen – Crazy Boys" erstmals als Regisseur hinter die Kamera. Kern inszenierte fortan in hoher Frequenz und mit zumeist niedrigen Budgets außerordentlich persönliche, oft dokumentarische Arbeiten wie "Gossenkind" (1991), "Ein fetter Film" (1991/1992) und "Domenica. Alle kommen, keiner war da." (1993). Kerns eigene Filme widmeten sich zumeist gesellschaftlichen Außenseitern, und häufig thematisierte er seine Homosexualität, das proletarische Milieu seiner Kindheit und die Auseinandersetzung mit seinem übergewichtigen Körper. Der offensive, kreative Tabubruch als künstlerisches Mittel verband ihn auch mit Christoph Schlingensief, unter dessen Regie Kern u.a. in "Terror 2000 – Intensivstation Deutschland" (1992) und "United Trash" (1994/1995) auftrat.

In seinem Heimatland Österreich meldete sich Peter Kern als bekannter Künstler regelmäßig in gesellschaftspolitischen Debatten zu Wort, und scheute in seiner eindeutigen Positionierung keine Konflikte. So brachte etwa sein Film "Haider lebt – 1. April 2021" (2002) die rechtsextreme Partei FPÖ gegen ihn auf. Trotz zunehmender gesundheitlicher Beschwerden blieb Kern als Autorenfilmer und Darsteller unvermindert produktiv, u.a. inszenierte er 2009 Schauspiellegende Helmut Berger in "Blutsfreundschaft".

Nachdem er 2012 den Hofer Filmpreis für sein Lebenswerk erhalten hatte, meldete sich Kern auf der Berlinale 2015 mit der provokant-devianten Gesellschaftssatire "Der letzte Sommer der Reichen" als streitbarer Regisseur und Autor zurück. Es sollte indes sein letzter Film sein: Am 26. August 2015 verstarb Peter Kern im Alter von 66 Jahren in Wien.