Florian Koerner von Gustorf wurde 1963 in Essen geboren. 1986 gehörte er zu den Gründungsmitgliedern der Berliner Rockband "Mutter"; 1987 drehte er seinen ersten Kurz-Spielfilm "Eine von Tausend". 1990 gründete er zusammen mit Michael Weber die Berliner Produktionsfirma Schramm Film Koerner & Weber. Es sollte jedoch einige Jahre dauern, bis Koerner von Gustorf hauptberuflich als Produzent tätig wurde. Als Schauspieler hatte einen kleinen Auftritt in Jörg Buttgereits "Nekromantik 2" (1991), bevor er die Titelrolle in Buttgereits Serienmörder-Studie "Schramm" (1993) übernahm. Daneben fungierte er bei Michael Bertls Fernsehspiel "Nach einer Ewigkeit" (1992) als Produktionsleiter.

Mit Christian Petzolds Fernsehspiel "Pilotinnen" (1995) produzierten Weber und Koerner von Gustorf ihren ersten abendfüllenden Spielfilm - der Beginn einer andauernden Zusammenarbeit mit diesem Regisseur. 1998 produzierte die Schramm Film Angela Schanelecs "Plätze in Städten". Ein großer Erfolg war Petzolds Polit- und Familiendrama "Die innere Sicherheit" (2000) mit Richy Müller und Barbara Auer als Ex-Terroristen, die mit ihrer Tochter (Julia Hummer) ständig auf der Flucht leben. Der Film erhielt hervorragende Kritiken und wurde unter anderem mit dem Hessischen Filmpreis und dem Deutschen Filmpreis in Gold als Bester Spielfilm ausgezeichnet.

In den folgenden Jahren festigte Florian Koerner von Gustorf die Position von Schramm Film als einer der wichtigsten Produktionsfirmen für Filmemacher der so genannten "Berliner Schule": Er produzierte Angela Schanelecs "Mein langsames Leben" (2001) und "Marseille" (2004), sowie Henner Wincklers "Klassenfahrt" (2002) und "Lucy" (2006). Er arbeitete bei "Unterwegs" (2004), "Auf der Suche" (2011) und "Die Geschwister" (DE/PL 2016) mit Regisseur Jan Krüger, und bei "Im Schatten" (2010), "Gold" (2013) und "Helle Nächte" (DE/NO 2017) mit Thomas Arslan.

Vor allem aber fungierte Florian Koerner von Gustorf (zusammen mit Michael Weber) als Stammproduzent von Christian Petzold, bei all dessen Kinoarbeiten: "Gespenster" (2005), "Yella" (2007), "Jerichow" (2008), "Dreileben - Etwas Besseres als den Tod" (2011, TV), "Barbara" (2012), "Phoenix" (2014), "Transit" (2018) und "Undine" (2020). Für "Barbara" wurde das Produzenten-Duo für den Europäischen Filmpreis nominiert und gewann den Deutschen Filmpreis in Silber (Bester Spielfilm).

Beim Münchner Filmfest 2019 stellte Koerner von Gustorf sein Langfilm-Debüt als Regisseur vor: Das DDR-Aufarbeitungs- und Beziehungsdrama "Was gewesen wäre". Der Kinostart erfolgte im November 2019.