Barbara Auer, geboren am 1. Februar 1959 in Konstanz, wuchs als älteste von vier Geschwistern in einem streng katholischen Elternhaus auf. Nach dem Abitur ging sie nach Hamburg und studierte dort an der Hochschule für Musik und Darstellende Kunst. 1981 debütierte sie am Stadttheater Mainz, 1983 spielte sie an den Städtischen Bühnen Osnabrück und 1986 bis 1988 am Schauspielhaus Wuppertal. 1982 gab Alexander Kluge ihr eine erste Filmrolle in "Die Macht der Gefühle". Für ihre Darstellung der DDR-Kranführerin Jessica in Vivian Naefes TV-Film "Der Boss aus dem Westen" erhielt sie 1988 die Goldene Kamera. Wie auch in diesem Film, ist Auer häufig in der Rolle der ebenso bodenständigen wie modernen, selbstbewussten Frau zu sehen.

1993 erhielt Auer für "Meine Tochter gehört mir", wieder unter der Regie von Vivian Naefe, den Deutschen Filmpreis – Filmband in Gold. Weitere große Rollen spielte sie unter anderem in Sherry Hormanns "Frauen sind was wunderbares" (1994) und in Frank Beyers Fernsehfilm "Nikolaikirche" (1995). 2001 erhielt sie eine weitere Nominierung für den Deutschen Filmpreis, für ihre Rolle in Christian Petzolds "Die innere Sicherheit". Darin spielt sie eine Ex-Terroristin, die mit Mann und Kind im Untergrund lebt und aus Angst vor der Polizei ihre Tochter wie in einem Familiengefängnis hält.

In den folgenden Jahren war sie im Kino unter anderem in Filmen von Margarethe von Trotta ("Ich bin die Andere", 2006) zu sehen, außerdem spielte sie mehrere Hauptrollen in TV-Dramen wie etwa Thorsten Näters "Einfache Leute" (2006). Erneut für den Deutschen Filmpreis nominiert wurde Auer 2007 als Beste Nebendarstellerin in der Wellershoff-Verfilmung "Der Liebeswunsch" von Torsten C. Fischer.