Josef Sanktjohanser absolvierte ein Diplom-Studium an der Akademie der Bildenden Künste in München und begann im Jahr 1983 als Szenenbildner und Ausstatter für Kino und Fernsehen zu arbeiten. Seine ersten Arbeiten waren die moderne Büchner-Adaption "Wodzeck" (1984) und die Komödie "Xaver" (1986). Seither hat er an über 60 Kino- und Fernsehproduktionen mitgewirkt. Zu seinen wichtigsten Kinoarbeiten gehören so unterschiedliche Filme wie "Rennschwein Rudi Rüssel" (1995), das apokalyptische Drama "Die grüne Wolke" (2001), der Horrorthriller "Tattoo" (2002) und das Polit-Drama "Der große Kater" (DE/CH 2010). Eine wiederholte Zusammenarbeit verbindet ihn mit dem Regisseur Marcus H. Rosenmüller: Gemeinsam drehten die beiden die Wintersportkomödie "Schwere Jungs" (2006) sowie die Historienfilme "Räuber Kneißl" (2008) und "Sommer der Gaukler" (2011). Daneben zeichnete Sanktjohanser bei einer Vielzahl von Fernsehspielen für das Szenenbild oder die Ausstattung verantwortlich.

Ab dem Jahr 2012 arbeitete Josef Sanktjohanser für einige Jahre ausschließlich fürs Fernsehen, etwa bei Stephan Wagners Kriminaldrama "Zwei allein" (2014), Karola Hattops Märchenfilm "Die Schneekönigin" (2014) und Uwe Jansons Satire "Die Udo Honig Story" (2015). Mit Andrei Konchalovskys vielfach preisgekröntem Holocaustdrama "Paradies" (RU/DE 2016) zeichnete er schließlich wieder bei einem Kinofilm für das Szenenbild verantwortlich. Für seine szenebildnerische Arbeit bei Josef Bierbichlers hoch gelobtem Familienepos "Zwei Herren im Anzug" (2018) wurde Josef Sanktjohanser für den Deutschen Filmpreis 2018 nominiert.