Der am 29. Juni 1969 in München geborene Markus Goller begann seine Filmkarriere Anfang der 90er Jahre hauptsächlich als Editor für Kurz-, Werbe- und Dokumentarfilme; ab 1996 schnitt er auch Spielfilme. Für Matthias Glasners "Fandango" erhielt er im Jahr 2000 eine Nominierung für den deutschen Schnittpreis. Ab 1996 arbeitete Goller auch als Regisseur. Neben zahlreichen Werbefilmen für namhafte Firmen wie McDonalds, Ferrero und Coca Cola inszenierte er 2001 seinen ersten Spielfilm, den betont trashigen "Planet B: Mask Under Mask".

Im Jahr 2002 verlagerte Goller seinen Lebensmittelpunkt in die USA, wo er vor allem als Editor und Regisseur für Werbefilme arbeitete und bei zwei von Katja von Garnier in Hollywood inszenierten Filmen ("Iron Jawed Angels" und "Blood or chocolat") die Second-Unit-Regie übernahm.

Nach mehrjähriger Planungsphase kam im Januar 2010 sein zweites eigenes Regieprojekt ins Kino: "Friendship!" erzählte von den Abenteuern zweier junger Männer aus der DDR in den USA.

Von einer Frauenfreundschaft erzählte dann Gollers folgender Film "Eine ganz heiße Nummer" (2011): Gisela Schneeberger, Bettina Mittendorfer und Rosalie Thomass verkörperten darin die Betreiberinnen eines Lebensmittelladens in der bayerischen Provinz, die ihre Geschäftskasse durch das Einrichten einer Sexhotline aufbessern wollen. Mit über 1,2 Millionen Zuschauern war die Komödie ein großer Publikumserfolg (deren Fortsetzung "Eine ganz heiße Nummer - Alle nackert" 2018 Rainer Kaufmann inszenierte).

Im Herbst 2013 brachte Goller für seine Road-Movie-Komödie "Frau Ella" Ruth Maria-Kubitschek nach zehnjähriger Kinoabstinenz zurück auf die große Leinwand: An der Seite von August Diehl und Matthias Schweighöfer verkörperte sie eine 87-jährige, die gemeinsam mit zwei fast 60 Jahre jüngeren Männern eine ereignisreiche Reise nach Paris antritt.

Im Dezember 2014 startete dann Gollers nächster Kinofilm: Die romantische Ensemble-Komödie "Alles ist Liebe", über eine Reihe höchst unterschiedlicher Menschen, die kurz vor Weihnachten mit allerlei amourösen Wirrungen zu kämpfen haben.

Im Frühjahr 2016 begann Goller mit den Dreharbeiten zu dem Road Movie "Simpel", über zwei Brüder, einer davon geistig behindert, die sich auf die Suche nach ihrem Vater begeben. Der Film startete im November des darauffolgenden Jahres in den deutschen Kinos. Beim Bayerischen Filmpreis 2017 erhielten die beiden Hauptdarsteller David Kross und Frederick Lau den Darstellerpreis.

Eine Brüdergeschichte erzählte Goller auch in seinem nächsten Film "25 km/h" (2018). Es ging darin um zwei höchst ungleiche Brüder, die nach dem Tod des Vaters zu einer Tour durch Deutschland aufbrechen – auf ihren alten Mofas. Die Hauptdarsteller Bjarne Mädel und Lars Eidinger erhielten für ihre Rollen mehrere Auszeichnungen. Beim Deutschen Filmpreis 2019 war "25 km/h" als Bester Spielfilm nominiert. 

Zusammen mit Lennart Ruff führte Goller bei der Streaming-Serie "Wild Republic" (2021) Regie, über eine Gruppe jugendlicher Straftäter, die während einer Resozialisierungsmaßnahme in den Bergen plötzlich auf sich allein gestellt sind. Sein nächster Kinofilm "One for The Road" handelte von einem Lebemann (Frederick Lau), der sich allmählich eingestehen muss, ein Alkoholproblem zu haben. Bereits Mitte 2021 abgedreht und für September 2022 angekündigt, wurde der Start des Films schließlich auf Oktober 2023 verschoben.

Markus Goller ist mit der Regisseurin Katja von Garnier verheiratet und lebt in Hollywood und Berlin.