Nach dem Gymnasium Fotografenlehre. Ab 1968 verschiedene Tätigkeiten in der Filmproduktion: Beleuchter bei Werbefilmen und bei mehreren Spielfilmen, u.a. "Supergirl" (1970, Rudolf Thome); als Kamera-Assistent bei der Produktion von Werbefilmen erwirbt er sich weitere technische Kenntnisse. 1970 Assistent des Kameramanns Robby Müller bei Wim Wenders’ "Die Angst des Tormanns beim Elfmeter", Assistent von Dietrich Lohmann ("Harlis", Robert Van Ackeren) und Michael Ballhaus ("Adele Spitzeder", Peer Raben). Daneben Kameramann bei Rudolf Thomes "Fremde Stadt" (1972) sowie "Ribb’s Motorrad" und "Über Nacht" unter der Regie von Karin Thome.

Obwohl so als Kameramann etabliert, bleibt er bis 1977 als Assistent bei Robby Müller. Mit ihm dreht er vor allem Filme von Wim Wenders (u.a. "Alice in den Städten", "Falsche Bewegung", "Im Lauf der Zeit", "Der amerikanische Freund") und Hans W. Geissendörfer ("Marie", "Die Wildente", "Die gläserne Zelle"), bei denen Schäfer oft auch die Standfotos macht. Gleichzeitig ist er Kameramann bei Thomes "Made in Germany und USA" (1974) und "Tagebuch" (1975).

Ab 1977 arbeitet Schäfer – häufig im Umfeld von Wim Wenders – nur noch als Kameramann, auch im Ausland, so in England bei zwei Filmen von Christopher Petit: "Radio On" (1979), "An Unsuitable Job for a Woman" (1981). Er fotografiert Peter Przygoddas in Brasilien hergestellte Dokumentarfilme "...als Diesel geboren" (1978/79) und "Alle Geister kreisen" (1981–85).

Er ist an Wenders’ Halb-Dokumentation "Nick’s Film – Lightning Over Water" (1979/80) und an "Der Stand der Dinge" (1981/82) beteiligt. Für letzteren erhält er (im Team) 1983 ein Filmband in Gold, zugleich auch für "Dies rigorose Leben" (auch Spezialpreis des Deutschen Kamerapreises 1984) von Vadim Glowna, mit dem er auch in der UdSSR beim Dokumentarfilm "Tschechow in meinem Leben" (1984) und in Thailand bei "Des Teufels Paradies" (1986/87) zusammenarbeitet. Neben aufwendigen Action-Filmen wie diesem und Dominik Grafs "Die Katze" (1987) stellt sich Schäfer immer wieder für Kurzfilme und Arbeiten von Nachwuchs-Regisseuren zur Verfügung. Kontinuierlich ist auch die Zusammenarbeit mit Rudolf Thome: u.a. "Berlin Chamissoplatz" (1980), "System ohne Schatten" (1982/83), "Tarot" (1985), "Das Mikroskop" (1987).

Ab 1985 leitet Schäfer an der Deutschen Film- und Fernsehakademie Berlin Kurse für Kamera und Licht. Zu seinen langjährigen Mitarbeitern gehören der Kamera-Assistent Martin Gressmann und der Beleuchter Honorat Stangl. Schäfer heiratet 1982 die französische Filmmacherin und Journalistin Laurence Gavron. Er stirbt während der Motivsuche zu Manfred Stelzers "Zug ab" in der Nähe von Erlangen.

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