Andreas Höfer wurde am 10. März 1964 in der Filmstadt Potsdam-Babelsberg geboren, wo er ein Kamerastudium an der Hochschule für Film und Fernsehen "Konrad Wolf" aufnahm, welches er mit Diplom abschloss. Ende der 1980er Jahre kamen noch an der Universität seine ersten (Kurz-)Filme auf die Leinwand, die alle gemeinsam mit seinem Kommilitonen Andreas Dresen entstanden und es wie "Zug in die Ferne" in Programm und Wettbewerb der Kurzfilmtage Oberhausen oder der Berlinale schafften.

Aus den studentischen Projekten entwickelte sich in den nächsten Jahren und Jahrzehnten eine äußerst fruchtbare Zusammenarbeit mit Dresen. Höfer zeichnete für die Kamera verantwortlich bei ihrem gemeinsamen bundesdeutschen Debüt "Stilles Land", bei TV-Produktionen der 1990er und bei Klassikern des neueren deutschen Kinos wie "Nachtgestalten" (1999), "Herr Wichmann von der CDU" (2003) oder "Sommer vorm Balkon" (2005). Dabei ist Höfers Markenzeichen stets die handgeführte, bewegliche Kamera. Mit Volker Schlöndorff drehte er 1999/2000 "Die Stille nach dem Schuß" und filmte dessen Beitrag zum Omnibusfilm "Ten Minutes Older - The Cello" (GB/DE 2002) sowie die Dokumentation "Ein Produzent hat Seele oder keine". Seine Vielseitigkeit stellte er im Jugendfilm "Fickende Fische" (2002) und der Hape-Kerkeling-Komödie "Samba in Mettmann" (2004) unter Beweis. Eine weitere Zusammenarbeit mit Schlöndorff bei "Strajk – Die Heldin von Danzig" brachte Höfer im Januar 2007 den Bayerischen Filmpreis für die Beste Bildgestaltung ein. Seine Kameraführung stets nah am Geschehen erweckte den Arbeiterkampf der polnischen Solidarnosc auf der Leinwand zum Leben.

In den folgenden Jahren drehte Höfer mit Dresen die Filmbranchen-Komödie "Whisky mit Wodka" (2009) sowie den Nachfolgefilm zu seiner Politiker-Dokumentation von 2003 "Herr Wichmann aus der dritten Reihe" (2012). Zuvor konnte sich Andreas Höfer über die Auszeichnung mit dem Deutschen Kamerapreis in der Kategorie Fernsehfilm/Dokudrama für den TV-Film "Empathie" (2009) unter Regie von Marc-Andreas Bochert freuen. Für Bochert drehte er 2011 auch "Inklusion - gemeinsam anders" (TV), "Dyslexie" (2014, TV) und "Krüger aus Almanya" (2015, TV). Andreas Höfers nächste Zusammenarbeit mit Andreas Dresen, das Filmportrait "Gundermann" über den gleichnamigen Liedermacher wurde wie so viele ihrer Kollaborationen an Originalschauplätzen, in diesem Fall im Lausitzer Kohlerevier, gedreht, Höfers nach Authentizität suchende Bildgestaltung wurde für den Deutschen Filmpreis 2019 nominiert.

Seiner Alma Mater, der Filmuniversität Babelsberg Konrad Wolf, ist Höfer heute als wiederkehrender Dozent für Fotografie verbunden, welcher er auch in Ausstellungen und Veröffentlichungen nachgeht.