Nach einem Roman von Otfried Preußler erzählt der Film von einem Jungen namens Krabat, der gegen Ende des Dreißigjährigen Krieges hungernd durch deutsche Wälder streift. Seine Eltern hat Krabat verloren, seine Mutter etwa fiel der Pest zum Opfer. In seiner Einsamkeit hört er eines Tages einen unheimlichen Ruf, der ihn zu einer alten Mühle lockt. Dort lebt ein geheimnisvoller Meister mit seinen elf Gesellen. Wie sich herausstellt, hat er Krabat längst als zwölften Gesellen auserkoren. Während seiner Zeit in der Mühle macht Krabat die Bekanntschaft von Tondra, der sein bester Freund wird. Von ihm erfährt er auch das Geheimnis, das den Meister und die Mühle umgibt. Schließlich lernt Krabat die Kunst der schwarzen Magie kennen, aber auch ihre Gefahren. Als er sich eines Tages in ein Mädchen verliebt, muss er seine Beziehung vor dem Meister geheim halten – und wird dadurch schließlich auf eine harte Probe gestellt.