Charly Hübner, geboren am 4. Dezember 1972 in Neustrelitz, sammelte ab 1991 Bühnenerfahrungen als Schauspieleleve und Regieassistent am Landestheater Neustrelitz. Von 1993 bis 1997 studierte er an der Hochschule für Schauspielkunst "Ernst Busch" in Berlin und wirkte bereits während dieser Zeit in Inszenierungen am Berliner Maxim-Gorki-Theater und an der Schaubühne mit.
Nach seinem Studienabschluss 1997 erhielt er in Frankfurt ein Engagement am Schauspielhaus (bis 1999), gefolgt vom TAT - Theater am Turm (1999-2003) und der Berliner Schaubühne (2000-2003). In den folgenden Jahren konzentrierte Hübner sich auf seine Film- und Fernsehkarriere: Er spielte Nebenrollen in Kinofilmen wie der Fußballer-Komödie "Männer wie wir" (2004), Fernsehspielen wie "Das Zimmermädchen und der Millionär" (2004) und hatte Gastauftritte in mehreren "Tatort"-Folgen. 2005 gehörte er zum Ensemble von Eoin Moores tragikomischer Gesellschaftssatire "Im Schwitzkasten" (2005), über eine Berliner Freundesclique und ihren Umgang mit der Wirtschaftskrise.
Größere Aufmerksamkeit erlangte Hübner mit seiner prägnanten Nebenrolle in dem vielfach preisgekrönten DDR-Drama "Das Leben der Anderen" (2006): Darin spielte er einen Stasi-Oberfeldwebel, der die nächtliche Überwachung eines Intellektuellenpärchens übernimmt.  Im Jahr darauf erhielt er eine Hauptrolle als Gerichtsmediziner in der Krimiserie "Post Mortem", die jedoch 2008 schon wieder eingestellt wurde. Von 2008 bis 2012 gehörte er in diversen Rollen zum Ensemble der Comedyserie "Ladykracher" mit Anke Engelke. Seit 2010 bildet Hübner gemeinsam mit Anneke Kim Sarnau das Ermittlerduo in den Rostocker Folgen der Krimireihe "Polizeiruf-110"; für die Folge "Fischerkrieg" wurde er 2013 mit dem Bayerischen Fernsehpreis ausgezeichnet.
Neben zahlreichen weiteren Fernsehrollen, unter anderem in der Actionserie "Transporter - Die Serie" (CND/USA/F/D 2012), spielte Hübner zwischenzeitlich auch wieder Theater. So etwa am Schauspielhaus Zürich (2008) und von 2011 bis 2013 am Schauspiel Köln.
Im Kino wirkt Charly Hübner regelmäßig in zumeist ambitionierten Produktionen mit: In dem Ensemble-Drama "Autopiloten" (2007) spielte er einen an seiner Existenz verzweifelnden Handelsvertreter, in "Up! Up! To the Sky" (2008) einen Krankenpfleger, der in der Psychiatrie einen vermeintlichen Außerirdischen betreut; in Julie Delpys "Die Gräfin" (D/F, 2009) verkörperte er den Freiherrn, dem die legendäre "Blutgräfin" Erzebet Bathory einst zur Frau versprochen wurde, in "Der Himmel hat vier Ecken" (2011) einen arbeitslosen, allein erziehenden Vater im Hamburger Kiez. Kritikerlob brachte ihm seine Hauptrolle in dem Psychodrama "Unter Nachbarn" (2011) ein, in dem er einen Mann verkörpert, dessen neue Freundschaft zu seinem Nachbarn immer bedrohlichere Züge annimmt. Unter der Regie von Robert Thalheim gehört er als vom Alltag frustrierter Hausmann zum Ensemble der Tragikomödie "Eltern" (2013). Ebenfalls 2013 drehte er mit Christian Alvart den Thriller "Die Banklady" (2013; noch ohne Starttermin): An der Seite von Nadeshda Brennicke spielt er darin den Komplizen der berüchtigten Bankräuberin Gisela Werler.