Werner Schroeter, geboren am 7. April 1945 in Georgenthal (Thüringen), aufgewachsen in Bielefeld und Heidelberg, studierte ab 1966 zunächst drei Semester Psychologie in Mannheim. Nach bestandener Aufnahmeprüfung wechselte er an die Hochschule für Fernsehen und Film in München, die er jedoch bereits nach wenigen Wochen wieder verließ.

Im Dezember 1967 reiste er zum Experimentalfilm-Festival EXPRMTL 4 im belgischen Knokke, wo er einen seiner 8mm-Filme vorstellte. Hier lernte er Rosa von Praunheim kennen, mit dem er in den nächsten Jahren zusammenlebte und den Film "Gotesk Burlesk Pittoresk" realisierte. Zwischen seinem Elternhaus in Heidelberg und seinem Berliner Wohnsitz (bei von Praunheim) pendelnd, realisierte Schroeter 1968 eine Reihe von Filmen: zunächst kurze Etüden auf 8mm, schließlich seine auf 16mm gedrehten Langfilme "Neurasia" und "Argila". Beide liefen mit großem Erfolg auf der Hamburger Filmschau 1969. Ein erster Durchbruch gelang Schroeter noch im gleichen Jahr mit seinem dritten Langfilm "Eika Katappa", für den er im Oktober 1969 bei der Internationalen Filmwoche Mannheim den Josef von Sternberg-Preis erhielt.

Schroeters filmischen Stil hat der Kulturjournalist Alfred Nemeczek 1980 in einem Artikel treffend zusammengefasst: Schroeter verzichte "auf eine Handlung und reiht szenische Höhepunkte aus Dichtung, Geschichte und Mythos ohne Übergang aneinander. Stundenlang nichts als Verzückung und Ekstase, nichts als Tod, Abschied, Liebeswahn, Verzweiflung." Schroeter arbeitete zudem mit einem festen Stamm von Darstellern, zu dem unter anderen Carla Aulaulu, Ellen Umlauf und später auch Christine Kaufmann gehören – sowie natürlich Magdalena Montezuma (bürgerlich: Erika Kluge), die er bereits als Jugendlicher kennen gelernt hatte und die bis zu ihrem Tod 1984 in all seinen Werken auftrat.

Seit den frühen 1970er Jahren wurden seine Filme, die zum Teil während längerer Auslandsreisen (zumeist Italien) entstanden, in erster Linie vom Fernsehen finanziert, vor allem von der ZDF-Redaktion "Das kleine Fernsehspiel". "Ich habe ein Kassetten-Tonband und ein paar Oberhemden und ein Jackett, vier oder fünf Bücher... Meist lebe ich bei Freunden. Wenn ich arbeite, ziehe ich von Hotel zu Hotel, weil das eine doppelte Belastung für jemanden wäre, der mit mir leben muss", erklärte Schroeter 1980 in einem Interview.

Erst ab "Regno di Napoli / Neapolitanische Geschwister" (1978), als seine Filme klassischeren narrativen Strukturen folgten, kamen sie wieder in die Kinos – zum Teil mit beachtlichem Erfolg: "Regno di Napoli" wurde unter anderem mit dem Bundesfilmpreis ausgezeichnet und feierte auch international Erfolge. Für sein Gastarbeiterdrama "Palermo oder Wolfsburg" erhielt Schroeter zwei Jahre später auf der Berlinale 1980 den Goldenen Bären. Nicht zuletzt in Frankreich feierten Cinephile Schroeter, der seine Drehbücher selbst verfasste und bis Ende der siebziger Jahre bei fast all seinen Filmen auch für die Kamera und den Schnitt verantwortlich zeichnete, als großen "Auteur". Gelegentlich trat er auch als Darsteller in Filmen anderer Regisseure auf, so etwa bei Fassbinder ("Welt am Draht", "Berlin Alexanderplatz") und Herbert Achternbusch ("Das Gespenst").

Seit 1972 arbeitete Werner Schroeter neben seiner filmischen Tätigkeit auch am Theater, seit 1979 inszenierte er zudem Opern an deutschen und italienischen Opernhäusern. Seine eigenwilligen Klassiker-Inszenierungen, die er zum Teil mit seinen Stammschauspielern realisierte, waren oft umstritten. Zu seinen wichtigen Bühnenarbeiten gehörten "Emilia Galotti" (Hamburg, 1972); "Salome" (1973), "Lucrecia Borgia" (1974), "Fräulein Julie" (1977) sowie "Das Käthchen von Heilbronn" (1978) unter der Intendanz Peter Zadeks in Bochum. Im März 1980 arrangierte er in Paris eine Show mit Ingrid Caven. Für Aufsehen sorgte er im Mai 1982 am Schauspielhaus Frankfurt mit Schillers "Don Carlos" – denn nach dem ersten Satz aus Schillers Drama verwandelte sich die Inszenierung in eine Aufführung von Pirandellos "Heute Abend wird aus dem Stehgreif gespielt".

Ab Mitte der 1980er Jahre wurden die Abstände zwischen seinen filmischen Arbeiten immer länger. Wenn Schroeter jedoch neue Werke präsentierte, wurden diese von Seiten der Kritik und der Cinephilen stets mit großem Interesse aufgenommen. So wurde seine Ingeborg-Bachmann-Verfilmung "Malina" (1991) mit Isabelle Huppert in der Hauptrolle in Cannes uraufgeführt und erhielt unter anderem den Deutschen Filmpreis in den Kategorien "Bester Film" und "Beste Regie". Schroeters nachfolgender Film, die poetische Dokumentation "Poussières d"amour", ließ sechs Jahre auf sich warten – und wurde prompt mit dem Preis der deutschen Filmkritik ausgezeichnet.

2008 stellte Schroeter nach einer sechsjährigen Filmpause im Wettbewerb der Filmfestspiele Venedig seine Juan-Carlos-Onetti-Adaption "Une nuit de Chien / Diese Nacht" vor. Schroeter erhielt in Venedig den Goldenen Löwen für sein Gesamtwerk.

Auf der Berlinale wurde Schroeter im Februar 2010 mit dem schwul-lesbischen Teddy Award für sein Lebenswerk geehrt; im März erhielt er den Bielefelder Friedrich Wilhelm Murnau Filmpreis.

Am 12. April 2010, wenige Tage nach seinem 65. Geburtstag, erlag Werner Schroeter in Kassel den Folgen einer Krebserkrankung.