Seinen Gegnern ist der legendäre Basler Arzt Paracelsus ein Dorn im Auge. Denn er folgt nicht den Lehren der Fakultäten, er stellt seine ganz persönlichen Theorien von der Heilkunde auf. Er sieht sich als Arzt des Volkes und sein Grundsatz lautet: "Der höchste Grund der Arznei ist die Liebe." Als es Paracelsus gelingt, den von allen Ärzten aufgegebenen Buchhändler Froben zu heilen, ist seine Lehre mit plötzlich in aller Munde.

Die Studenten strömen zu ihm, während die konservative Fakultät nur auf eine Gelegenheit wartet, ihn zu diskreditieren.
Zum Verhängnis wird Paracelsus beinahe sein ehrgeiziger Famulus Johannes, der ein noch unerprobtes Elixier seines Lehrers verwendet und damit einen Menschen tötet. Die Gegner von Paracelsus nutzen die Chance und verlangen, dass man den unschuldigen Arzt einsperrt. Paracelsus gelingt die Flucht mit Hilfe des Gauklers Fliegenbein, den er einst heilte; und er lebt fortan als Wanderarzt ein bescheidenes, aber erfülltes Leben.