Jeanine Meerapfel, geboren am 14. Juni 1943 in Buenos Aires, Argentinien, als Tochter deutsch-jüdischer Einwanderer, absolvierte in Buenos Aires die Journalistenschule und arbeitete anschließend als Redakteurin und freie Journalistin. Von 1964 bis 1968 war sie als eine der ersten Frauen am Institut für Filmgestaltung der Ulmer Hochschule für Gestaltung immatrikuliert; dort studierte sie unter anderem bei Alexander Kluge und Edgar Reitz und drehte mehrere TV-Dokumentarfilme. Bis Ende der 1970er Jahre arbeitete sie weiterhin als freie Journalistin. Daneben gab sie Filmseminare an der HfG Ulm sowie an Goethe-Instituten verschiedener Länder.

Ihr Spielfilmdebüt gab Meerapfel mit "Malou" (1980), der bei den Filmfestspielen in Cannes Premiere feierte und dort mit dem FIPRESCI-Preis der Internationalen Filmkritik ausgezeichnet wurde; beim Filmfestival in San Sebastián wurde die Geschichte einer jungen Jüdin, die sich auf eine existentialistische Spurensuche begibt, mit dem Regiepreis ausgezeichnet. 1981 folgte der autobiografische Dokumentarfilm "Im Land meiner Eltern". Ihr nächster Dokumentarfilm "Die Kümmeltürkin geht", über das Schicksal einer türkischen Gastarbeiterin, erhielt bei der Berlinale 1985 den Interfilm-Preis sowie den Preis der deutschen Filmkritik.

Um Migrantenschicksale ging es auch in dem Spielfilm "Die Verliebten" (1987): Darin erzählt Meerapfel eine Geschichte über die Heimatsuche der jungen Gastarbeitergeneration, hin- und hergerissen zwischen dem Land ihrer Eltern und dem Ort der eigenen Kindheit. Parallel dazu arbeitete sie von 1986 bis 1989 an dem preisgekrönten Dokumentarfilm "Desembarcos – Es gibt kein Vergessen", einer Auseinandersetzung mit der Zeit der Militärdiktatur in Argentinien. Auch der Spielfilm "La Amiga" mit Liv Ullmann in der Hauptrolle, befasste sich mit Schicksalen, die von der argentinischen Diktatur geprägt wurden. Der Film wurde unter anderem für den Bundesfilmpreis 1989 nominiert, Liv Ullmann und Cipé Lincovsky wurden in San Sebastián gemeinsam mit dem Darstellerinnen-Preis geehrt.

Seit 1990 ist Jeanine Meerapfel als Professorin im Bereich Film/Fernsehen an der Kunsthochschule für Medien Köln tätig. 1995 schloss sie die Arbeit an dem Spielfilm "Amigomío" ab, der den Saarländischen Drehbuchpreis erhielt. Im Jahr 2000 wurde ihr filmisches Schaffen mit dem Künstlerinnenpreis des Landes Nordrhein-Westfalen gewürdigt. 2001 folgte das Familiendrama "Annas Sommer", mit Ángela Molina und Herbert Knaup in den Hauptrollen, das den Spezialpreis beim argentinischen Festival Mar del Plata gewann.

In dem Dokumentarfilm "Fictional Lies on Right Occasions" (2003) porträtierte Jeanine Meerapfel die zwei griechischen Musiker Floros Floridis und Babis Papadopoulos. 2007 entstand der Dokumentarfilm "Mosconi – oder wem gehört die Welt", in dem sie den Überlebenskampf einer von Privatisierung gezeichneten nordargentinischen Stadt schilderte.

2012 startete dann Meerapfels erster Spielfilm seit mehr als zehn Jahren in den Kinos: "Der deutsche Freund" erzählt von der Liebe zwischen einer Tochter jüdischer Emigranten in Buenos Aires und einem Sohn deutscher Einwanderer, dessen Vater bei der SS war. Beim argentinischen Filmpreis Cóndor de Plata wurde der autobiografisch geprägte Film in fünf Kategorien nominiert: Als Bester Film, für die Beste Regie, die Beste weibliche Hauptrolle, das Beste Szenenbild und die Beste Musik.

Nach einer längeren Pause vom aktiven Filmemachen realisierte Meerapfel im Jahr 2019 zusammen mit Floros Floridis und in Kooperation mit der Berliner Akademie der Künste das Projekt "Moving Sand/Topos": eine Kombination von dokumentarisch-experimentellem Film-Essay und Live-Performance zum Themenkomplex Künstliche Intelligenz, moderne Technologie und menschliche Wahrnehmung. Der 47-minütige Film wurde auch beim Thessaloniki Documentary Festival 2020 gezeigt.

Ebenfalls 2020 war sie die Initiatorin der Europäische Allianz der Akademien, einem Zusammenschluss von zunächst 60 Kunstakademien und Kulturinstitution aus Ländern der Europäischen Union sowie Großbritannien und Norwegen, die gemeinsam für die Freiheit der Kunst einstehen. Im gleichen Jahr erhielt Meerapfel das Bundesverdienstkreuz 1. Klasse "für ihre Erfolge als Filmemacherin und Autorin sowie ihren Einsatz für Menschenrechte, Meinungsfreiheit und die gleichberechtigte Vielfalt der Kulturen". Im Jahr darauf wurde sie zur Ehrenpräsidentin des Bundesverbands Regie (BVR) ernannt.

Beim Internationalen Film Festal Mar del Plata in Argentinien stellte Jeanine Meerapfel im November 2021 ihren sehr persönlichen Dokumentarfilm "Eine Frau" (DE/AR 2021) vor, der die Lebensstationen ihrer Mutter zwischen Deutschland, Frankreich und Argentinien nachverfolgt. Der deutsche Kinostart erfolgte im November 2022.