Tomy Wigand legt nach Kurt Hoffmann (1954) und Werner Jacobs (1973) die dritte Verfilmung von Erich Kästners Jugendbuchklassiker vor: Bevor er das Internat des berühmten Thomanerchors in Leipzig betritt, ist Jonathan bereits von acht Internaten geflogen. Auch hier wird er, glaubt Jonathan, nicht allzu lange verweilen.
Der Internatsleiter Justus jedoch ist ganz anderer Ansicht und behält Recht: Jonathan befreundet sich mit Martin, Uli, Matz und Kreuzkamm junior und ficht mit ihnen gegen die "Externen", mit denen die Internatsschüler einen Kleinkrieg führen. Außerdem lernen sie den "Nichtraucher" kennen, einen seltsamen Mann, der sich ebenfalls in ihrem Geheimtreff, einem alten Eisenbahnwaggon, aufhält. Als die Freunde dort ein Theaterstück namens "Das fliegende Klassenzimmer" finden und für die anstehende Weihnachtsaufführung proben wollen, lösen sie damit eine Reihe von Ereignissen aus, die zunächst Verwirrung und schließlich aber eine umfassende Versöhnung stiften.