Karl Adolf Kurt Werner Klingler wurde am 23. Oktober 1903 in Stuttgart geboren. Erste künstlerische Erfahrungen sammelte er als Kleindarsteller an verschiedenen Bühnen. In den 1920er Jahren ging er nach Amerika, wo er 1925 am deutschsprachigen Theater von Milwaukee auftrat. Zwischen 1927 und 1930 versuchte er als Filmschauspieler in Hollywood Fuß zu fassen, spielte jedoch nur kleine (meist ungenannte) Rollen, darunter eine Minirolle in Howard Hughes' "Hell's Angels" ("Höllenflieger", US 1930) und eine Nebenrolle in Wilhelm Dieterles Kriminaldrama "Der Tanz geht weiter" (US 1930), einer deutschsprachigen Version von "Those Who Dance" (US 1930).

Während Klinglers Karriere vor der Kamera eher schleppend verlief, wurde er 1931 von den Universal Studios als Berater für deutsche Belange und den deutschen Markt engagiert. In dieser Funktion lernte er Luis Trenker kennen, als dieser eine amerikanische Version seines Dramas "Berge in Flammen" (1931) drehte. Von Trenker animiert, kehrte Klingler nach Europa zurück, wo er sich von der Schauspielerei auf Tätigkeiten hinter der Kamera verlegte: So fungierte er bei Arnold Fancks Abenteuerfilm "SOS Eisberg" (1933) und Trenkers "Der verlorene Sohn" (1934) als Regieassistent.

Sein Regiedebüt gab Werner Klingler mit dem Abenteuerfilm "Die letzten vier von Santa Cruz" (1936; auch Co-Drehbuch). Gemeinsam mit Trenker inszenierte er das Historiendrama "Condottieri" (1937) und die Komödie "Liebesbriefe aus dem Engadin" (1938). Zu seinen weiteren Werken während der Nazizeit gehören unter anderem der scheinbar "unpolitische" Boxerfilm "Die letzte Runde" (1940), aber auch der eindeutige Propagandafilm "Wetterleuchten um Barbara" (1941), der den Anschluss Österreichs als Befreiung der Tiroler Bergbauern verbrämt. Bei dem anti-englischen Propagandawerk "Titanic" (1943) übernahm Klingler die Regie, nachdem der ursprüngliche Regisseur Herbert Selpin denunziert und während des Drehs von der Gestapo verhaftet worden war. Klinglers als Familiengeschichte getarnter Propagandafilm "Die Degenhardts" (1944) erhielt vom NS-Regime das Prädikat "staatspolitisch und künstlerisch wertvoll". Nach der Befreiung Deutschlands 1945 wurde der Film von den Alliierten verboten.

Mit "Der Mann im Sattel" (1945) war Klingler auch an einem der letzten Spielfilme der Nazizeit beteiligt. Allerdings wurde der Film wegen des Einmarschs der Roten Armee in Berlin nicht fertiggestellt; das Material galt lange als verschollen. Erst nachdem im Filmarchiv der DDR das Rohmaterial entdeckt wurde, konnte 1999 eine Kinofassung geschnitten und montiert werden. Im Januar 2000 wurde "Der Mann im Sattel" schließlich uraufgeführt. Auch bei diesem Film zeigte sich, dass die vermeintlich unpolitische Unterhaltungsgeschichte einerseits gut in die Ablenkungsstrategie der letzten Kriegsjahre passte, zugleich aber auf subtile Weise ideologisch aufgeladen war.

Nach dem Kriegsende konnte Klingler seine Karriere praktisch nahtlos fortsetzen. Er drehte den Schwarzmarkt-Krimi "Razzia" (1947) und die optimistische Nachkriegs-Liebesgeschichte "Arche Nora" (1948), ging dann in die USA, um als Schauspieler sein Glück zu versuchen – abermals ohne nennenswerten Erfolg. Mitte der 1950er Jahre kehrte er nach Deutschland zurück, wo er Unterhaltungsfilme in verschiedenen Genres drehte. So etwa den Agentenfilm "Spion für Deutschland" (1956) und das von den realen Brüdern und Panzerknackern Sass inspirierte Einbrecher-Drama "Banktresor 713" (1957) sowie den Problemfilm "Aus dem Tagebuch eines Frauenarztes" (1959).

1961 feierte das Drama "Lebensborn" Premiere, über ein junges Paar, das aus einer der gleichnamigen "Menschenzucht"-Anstalten der Nazis flieht. Thematisch ambitioniert, wurde der Film von der Kritik sehr zwiespältig aufgenommen. In den nächsten Jahren drehte Klingler ausschließlich unverfängliche Unterhaltungsfilme, darunter "Das Testament des Dr. Mabuse" (1962), den ersten Bryan-Edgar-Wallace-Krimi "Das Geheimnis der schwarzen Koffer" (1962), sowie das in Berlin spielende Segment des Episodenfilms "Spione unter sich" (FR/IT/DE 1965). Das Kriminaldrama "Straßenbekanntschaften auf St. Pauli" (1968) war sein letzter Film.

Am 23. Juni 1972 starb Werner Klingler in Berlin.