Johannes Zeiler wurde am 29. April 1970 in Vorau, Österreich, geboren. Während seines Studiums in den Fächern Germanistik und Geschichte an der Uni Graz beschloss er, Schauspieler zu werden. Er zog nach Wien, wo er von 1992 bis 1996 ein Schauspielstudium am Max-Reinhardt-Seminar absolvierte. Anschließend hatte er Engagements an diversen Theatern: So etwa am Landestheater Coburg (1996/97), den Bühnen der Landeshauptstadt Kiel (1997-99), im Faust-Ensemble von Peter Stein (1999-2001), am Theater Phönix in Linz (2002) und am Theater der Jugend in Wien (2004-2006). Ab 2007 stand Zeiler in zahlreichen Inszenierungen am Schauspielhaus Wien auf der Bühne (bis 2014).

Während seiner Theaterjahre betätigte sich Zeiler nur sehr vereinzelt als Film- und Fernsehschauspieler. Erst ab dem Jahr 2007 stand er regelmäßiger vor der Kamera, meist in kleinen Nebenrollen, etwa als Streifenpolizist in Götz Spielmanns "Revanche" (AT 2008) oder als Arzt in der Linzer "Tatort"-Folge "Kinderwunsch" (AT 2009). Viel Aufmerksamkeit bekam er für seine Titelrolle in Alexander Sokurovs eigenwilliger Goethe-Adaption "Faust" (RU 2011), die bei den Filmfestspielen von Venedig mit dem Goldenen Löwen ausgezeichnet wurde.

Nach diesem Erfolg sah man ihn häufiger in Hauptrollen, zum Beispiel als fanatischen Übervater in Leander Haußmanns viel gelobter "Polizeiruf 110"-Folge "Kinderparadies" (2013), und als Bruder der Titelfigur (Harald Krassnitzer) in der Familienserie "Paul Kemp – Alles kein Problem" (2013). Im Jahr 2013 übernahm Zeiler eine Hauptrolle als Polizist in der österreichischen Krimiserie "CopStories".

Eine weitere wichtige Produktion war das TV-Drama "Deckname Holec" (AT/CZ 2016), über die angebliche Spionagetätigkeit des einstigen ORF-Fernsehdirektors Helmut Zilk (gespielt von Zeiler) für die ČSSR in den 1960er Jahren. In der surrealen Komödie "Hotel Rock'n'Roll" (AT 2016), einer Fortsetzung von Michael Glawoggers "Nacktschnecken" (2004) und "Contact High" (2009), spielte er einen Polizisten auf Bankräuber-Jagd; in dem Historiendrama "Die Ketzerbraut" (2017, TV) gab er den Vater der Titelfigur (Ruby O. Fee). Von seiner humorvollen Seite zeigte Zeiler sich in den Kinderfilmen "Hilfe, ich hab meine Lehrerin geschrumpft" (2015) und "Hilfe, ich hab meine Eltern geschrumpft" (2018) als stoischer Schul-Hausmeister.

Regisseur Oliver Haffner besetzte Zeiler in der Hauptrolle seines viel beachteten Gesellschaftsdramas "Wackersdorf" (2018): Als Landrat Hans Schuierer, der in den achtziger Jahren gegen den Bau der atomaren Wiederaufarbeitungsanlage Wackersdorf kämpfte, und zu einer Symbolfigur des zivilen Widerstands avancierte. Beim Münchner Filmfest gewann "Wackersdorf" den Publikumspreis; im Herbst 2018 startete er regulär in den Kinos.