Neben seinen dokumentarischen Arbeiten inszenierte Danquart immer wieder auch Musikvideos, Werbefilme und Spielfilme. So etwa das Fernsehspiel "Mörderinnen" (2002), den Thriller "Semana Santa" (2004), eine internationale Koproduktion mit Mira Sorvino und Olivier Martinez in den Hauptrollen, und die Gaunerkomödie "Basta. Rotwein oder Totsein", die mit Henry Hübchen, Moritz Bleibtreu und Corinna Harfouch zwar ein großes Star-Ensemble vereinte, jedoch weder bei der Kritik noch beim Publikum ein großer Erfolg war.

Anfang 2008 gründete Danquart mit Susa Kusche, Andrea Roman und Uwe Spiller die Produktionsfirma bittersuess pictures GmbH, deren erklärtes Ziel es ist, mit Filmen wie "Shahada" (2010) anspruchsvolle, aber zugleich publikumsträchtige Spielfilme zu finanzieren. Im Frühjahr 2011 kommt nach vielen Jahren wieder ein politischer Dokumentarfilm von Pepe Danquart in die Kinos: "Joschka und Herr Fischer" verknüpft ein Porträt des populären Grünen-Politikers mit einem Rückblick auf fünf Jahrzehnte deutscher Geschichte und Politik.

Seit April 2008 ist Pepe Danquart, der zu den Gründungsmitgliedern der Deutschen Filmakademie gehört, als Universitäts-Professor für Film an der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg tätig.