Uwe Janson studierte ab 1982 Soziologie, Politikwissenschaft und Germanistik. 1986 begann er, regelmäßig als Regieassistent zu arbeiten. Im Jahr darauf gründete Janson die Filmverleih-Initiative Konterbande. Sein Regiedebüt gab er 1990 mit dem Nachkriegsdrama "Verfolgte Wege". Der Film wurde unter anderem mit dem Bayerischen Filmpreis und dem "Prix Jeunesse" der Filmfestspiele von Locarno ausgezeichnet.

In den folgenden Jahren war der Autodidakt, der 1994 auch als Dozent an der dffb Berlin lehrte, ausschließlich fürs Fernsehen tätig. Hier erarbeitete er sich mit so unterschiedlichen Filmen wie dem für den Grimme-Preis nominierten Drama "Gefährliche Verbindung", der Komödie "Ben & Maria – Liebe auf den zweiten Blick" oder der experimentierfreudigen Brecht-Verfilmung "Baal" einen Ruf als ebenso produktiver wie vielseitiger Regisseur.Im Jahr 2001 inszenierte er mit dem psychologischen Thriller "Nachts im Park" seinen zweiten Kinofilm.

Eine ganz andere thematische Richtung schlug er mit "Peer Gynt" ein, einer modernen Verfilmung des berühmten Theaterstücks von Henrik Ibsen. Beim Fernsehfilm-Festival in Baden-Baden wurde der Film 2007 mit einem Spezialpreis für die Beste Literaturadaption ausgezeichnet; beim Internationalen Filmfestival Mannheim-Heidelberg erhielt er im gleichen Jahr den Filmkunstpreis für Fernsehen in Deutschland.

Leichtere Kost inszenierte Janson mit der TV-Komödie "Beim nächsten Kind wird alles anders" (2007), über eine scheinbar glückliche Familie, deren Alltag durch eine späte Schwangerschaft auf den Kopf gestellt wird.

Auch in den folgenden Jahren wechselte Janson bei seinen Projekten zwischen anspruchsvollen Stoffen und leichterer Unterhaltung: Nach der Goethe-Adaption "Werther" (2008, TV) drehte er den Katastrophenfilm "Vulkan" (2009, TV); auf die romantische Aussteigerinnen-Geschichte "LichtBlau - Neues Leben Mexiko" (2011, TV) folgte das von der Kritik gelobte Drama "Am Kreuzweg" (2011, TV), über einen katholischen Pfarrer, der heimlich zwei Kinder mit einer jüngeren Frau hat. Ebenfalls 2011 ausgestrahlt wurden Jansons Märchenadaption "Aschenputtel", mit Aylin Tezel und Barbara Auer in den Hauptrollen, und der Zweiteiler "Laconia", über die Versenkung des Passagierschiffs RMS Laconia im Jahr 1942. Während die englische Schnittfassung von "Laconia" nach der Erstausstrahlung auf BBC Two im Januar 2011 von der Kritik gefeiert wurde, erhielt die später in der ARD gezeigte, stark veränderte Fassung zwiespältige Kritiken.

Fürs Kino inszenierte Janson anschließend den sozialkritischen Thriller "On The Inside" (2012), über zwei afrikanische Politiker, die während eines Staatsbesuchs in Berlin von einer Hotelangestellten als Kriegsverbrecher erkannt werden; sie nimmt die Männer als Geiseln und will sie zwingen, ihre Gräueltaten zu gestehen.

Nach einer weiteren modernen Märchenverfilmung ("Hänsel und Gretel", 2012, TV) und dem Familiendrama "Schuld der Erben" (2012, TV) sorgte Janson mit der Komödie "Der Minister" (2013, TV) für Aufsehen: Darin schilderte er, satirisch überspitzt, Aufstieg und Fall des ehemaligen Wirtschafts- und Verteidigungsministers Karl-Theodor zu Guttenberg (im Film: Franz Ferdinand von und zu Donnersberg) in Verbindung mit seiner Plagiatsaffäre. Der Film wurde mit dem Grimme-Preis ausgezeichnet und erhielt eine Nominierung für den Deutschen Fernsehpreis als Bester Fernsehfilm.

Neben diesen Fernsehspielen inszenierte Janson im Lauf der Jahre mehrere, teils hoch gelobte Folgen der Krimireihen "Post Mortem", "Tatort" und "Fleming"; bei der vielfach preisgekrönten Serie "Danni Lowinski" gehörte er seit 2011 zum Team der Stammregisseure.

Mit der Hans-Christian-Andersen-Verfilmung "Das Mädchen mit den Schwefelhölzern" (2013, TV) nahm Janson sich eine weitere Märchenadaption vor. Danach arbeitete er die Affäre um die Insolvenz der Drogeriekette Schlecker als satirische Tragikomödie auf: "Die Schlikkerfrauen" (2014, TV) zeigte Sky du Mont als maliziösen Pleite-Unternehmer, der in einer seiner Filialen von den Angestellten kurz entschlossen als Geisel genommen wird.

Im Oktober 2014 feierte bei den Hofer Filmtagen Jansons nächster Kinofilm Premiere: "Auf das Leben!" erzählte von einer alternden, ehemaligen Cabaret-Sängerin, die durch die Freundschaft zu einem vom Leben gezeichneten jungen Mann neuen Lebensmut gewinnt.

Seit 1997 gehört Uwe Janson dem Vorstand des Deutschen Regieverbands an.