Jan Fedder wurde am 14. Januar 1955 in Hamburg als Sohn eines Kneipenbesitzers und einer Tänzerin geboren. Er wuchs in St. Pauli auf und sang bereits als Siebenjähriger Sopran in der Hamburger Michaeliskirche. Vor seiner Schauspielausbildung, die er mit zehn Jahren begann, nahm er einige Jahre Ballettunterricht. Mit 13 Jahren stand Fedder 1968 das erste Mal auf der Bühne und im selben Jahr für den Film "Reise-Dienst Schwalbe" vor der Fernsehkamera.

Danach war er 19 Jahre lang im Kinder- und Jugendtheater Klecks tätig, spielte aber auch am Hamburger Ernst-Deutsch-Theater in Shakespeare- und Goethe-Inszenierungen und hatte in den Jahren 1979 und 1980 bereits kleinere Fernsehauftritte. In seiner Rolle als Pilgrim in Wolfgang Petersens Welterfolg "Das Boot" war er der Kojennachbar von Ralf Richter und mit diesem für das Erzählen von schmutzigen Witzen zuständig.

Danach spielte er bei vielen hauptsächlich norddeutschen TV-Produktionen mit, aber nur in wenigen Kino-Filmen (z. B. "Der Fall Bachmeyer – Keine Zeit für Tränen", 1984, "Didi – Der Experte", 1987, "Super-Stau", 1991). 1990 übernahm Jan Fedder in der Serie "Großstadtrevier", deren Titelmelodie er auch sang, die Rolle des lässig-schnoddrigen Polizisten Dirk Matthies. Fast ebenso populär wurde er als Kurt Brackelmann in der Serie "Neues aus Büttenwarder" (ab 2000).

Zu seinen weiteren Fernseh- und Filmauftritten zählen Rollen in "Singles" (1988), "Peter Strohm" (Episode: "Noch drei Minuten bis Himmelfahrt", 1988), "Und wenn’s nicht klappt, dann machen’s wir’s noch mal" (1990), "Superstau" (1991), "Land in Sicht" (1993), "Verlassen Sie bitte Ihren Mann" (1994), "Der Hochstapler" (1998) und Auftritte in der Reihe "Heimatgeschichten".

Bei den Zeichentrick-Filmen "Werner – Volles Rooäää!!!" (1999) und "Werner – Gekotzt wird später" (2003) lieh er dem Rocker Herbert seine Stimme. Schon 1990 hörte man ihn in "Werner – Beinhart" mehrere Rollen sprechen. Eine anspruchsvollere Titelfigur spielte er in der Siegfried-Lenz-Verfilmung "Der Mann im Strom" (Regie: Niki Stein), für die er 2006 mit dem Deutschen Fernsehpreis als Bester Schauspieler ausgezeichnet wurde.

Als Sänger brachte er mit seiner Band "Big Balls" die CDs "Aus Bock" (1998) und "Fedder geht’s nicht" (2004) heraus. 2006 wurde Jan Fedder bei einer Umfrage zum beliebtesten Schauspieler Norddeutschlands aller Zeiten gewählt. Zu seinen letzten Kinoauftritten zählten Fatih Akins "Soul Kitchen", 2009, und Birgit Steins "Ohne Gnade", 2013.

Jan Fedder starb am 30. Dezember 2019 im Alter von 64 Jahren in seiner Heimatstadt Hamburg.