Werner Enke wurde am 25. April 1941 in Berlin geboren und wuchs in Göttingen auf. Bereits in jungen Jahren begann er sich künstlerisch zu betätigen, so fertigte er als Zehnjähriger zahllose Daumenkinos an, schrieb als Teenager Gedichte und war Schlagzeuger in einer Jazzcombo. Nach dem Abitur bewarb er sich 1960 an Schauspielschulen in München und Berlin, wurde jedoch überall abgelehnt. Er schrieb sich an der Universität München in den Fächern Theaterwissenschaft, Französisch und Germanistik ein, ohne jedoch den Studien aktiv nachzugehen. Stattdessen nahm er 1962 Schauspielunterricht an der privaten Schauspielschule von Ruth von Zerboni in Gauting-Stockdorf bei München.

Ab 1963 spielte Werner Enke erste, meist kleinere Nebenrollen in Fernsehspielen und hatte in einer Episode der Serie "Unsere große Schwester" (Titel: "Die Band", 1965) eine größere Rolle als Schlagzeuger. Während dieser Zeit lernte er in München den Regisseur Klaus Lemke kennen, mit dem er mehrere Kurzfilme drehte. Zum Ensemble der Filme gehörte auch May Spils, die später Enkes Lebensgefährtin wurde. Unter der Regie von Spils spielte er Hauptrollen in den Kurzfilmen "Das Porträt" (1966) und "Manöver" (1966). Einen starken Auftritt hatte er in Volker Schlöndorffs Kinofilm "Mord und Totschlag" (1967), in dem seine Figur allerdings schon nach einigen Szenen erschossen wird.

Anfang 1968 sah man Enke in seiner ersten Langfilm-Hauptrolle: In Franz-Josef Spiekers Farce "Mit Eichenlaub und Feigenblatt" (1968) verkörperte er einen jungen Bundeswehrsoldaten, der sich vergeblich an einer heroischen Militärkarriere versucht. Der Durchbruch gelang Enke aber mit dem zeitgleich startenden "Zur Sache, Schätzchen" (1968); die Regie führte May Spils, die gemeinsam mit Enke und Rüdiger Leberecht auch das Drehbuch geschrieben hatte. Die Komödie über den Alltag des Schwabinger Tagediebs Charly und seiner Freunde war einer der großen kommerziellen Erfolge des "Jungen Deutschen Films" und avancierte bald zum Kultfilm. Enke erhielt für seine Leistung den Deutschen Filmpreis als Bester Nachwuchsdarsteller. Auf Grund der originellen und prägenden Sprache mit Begriffen wie "fummeln" und "Dumpfbacke" wurde "Zur Sache, Schätzchen" beim Deutschen Filmpreis zudem mit einem einmalig vergebenen Sonderpreis ausgezeichnet, dem Filmband in Gold für Dialoge.

Drei Jahre später startete die Fortsetzung von "Zur Sache, Schätzchen" in den Kinos: "Nicht fummeln, Liebling" (1970) erzählte von den Erlebnissen Charlys in einer Art Kommune und seinen Konfrontationen mit einer chronisch überforderten Staatsgewalt. Für diesen Film erhielten Enke, der als Hauptdarsteller und Drehbuchautor agierte, und Regisseurin May Spils den Ernst-Lubitsch-Preis.

Das Team Spils/Enke drehte noch drei weitere Fortsetzungen über den Lebensweg des Hallodris Charly: "Hau drauf, Kleiner" (1974) über seine Zeit bei der Bundeswehr, "Wehe, wenn Schwarzenbeck kommt" (1978) über seine Abenteuer mit einem anarchischen Schrotthändler, und "Mit mir nicht, du Knallkopp" (1983), in dem der Alt-Student in eine skurrile Agentengeschichte verwickelt wird.

Danach zogen Enke und Spils sich aus dem Filmgeschäft zurück. Das Paar lebt wechselweise in München und auf einem Bauernhof bei Bremen.