Der Film zeigt in Anlehnung an das Gladbecker Geiseldrama zwei Verbrecher auf der Flucht. Verfolgt von der Polizei und umringt von der Presse quälen sie in einer ostdeutschen Kleinstadt Asylanten. Aus den Geschehnissen versuchen nicht nur westdeutsche Neo-Nazis, sondern auch Lokalpolitiker Vorteile zu ziehen. Mit "Terror 2000" beschließt Christoph Schlingensief seine Deutschlandtrilogie, zu der außerdem "Das deutsche Kettensägenmassaker" und "100 Jahre Adolf Hitler" gehören.