Pepe Danquart, geboren am 1. März 1955 in Singen/Hohentwiel, studierte von 1975 bis 1981 Kommunikationswissenschaften in Freiburg im Breisgau. Nachdem er bereits als Jugendlicher erste Super-8-Filme gedreht hatte, gehörte er 1977 gemeinsam mit seinem Bruder Didi zu den Gründern der Medienwerkstatt Freiburg (MWF), einem Filmkollektiv, das mit radikal politischen Videos zu gesellschaftlichen Debatten Stellung bezog. Zwischen 1978 und 1991 war Danquart im Rahmen der MWF als Autor, Regisseur und Produzent an über 30 Dokumentarfilmen beteiligt, so etwa an "Passt bloß auf" (1980) und "Geisterfahrer - Eine utopische Kolportage" (1987), die auf internationalen Festivals preisgekrönt wurden. 1982 wurde die Medienwerkstatt für ihr "Gesamtwerk" mit dem Dokumentarfilmpreis der deutschen Filmkritik geehrt.

1989 verließ Pepe Danquart das Kollektiv und gründete 1994 zusammen mit Mirjam Quinte die Produktionsfirma quintefilm, unter deren Ägide er bis heute seine Dokumentarfilmprojekte realisiert und mit der er und Quinte auch mehrere Filme des Österreichers Michael Glawogger ("Workingman's Death", "Whore's Glory") koproduzierten.

Der große Durchbruch gelang Danquart 1994 mit dem Kurzfilm "Schwarzfahrer", einer humorvollen Auseinandersetzung mit dem alltäglichen Rassismus, der unter anderem mit dem Oscar für den Besten Kurzfilm ausgezeichnet wurde. Auch sein nachfolgender, in Co-Regie mit Mirjam Quinte entstandener Dokumentarfilm "Nach Saison" (1997), über den Bosnienkrieg, war ein überragender Festivalerfolg und erhielt unter anderem den Friedensfilmpreis der Berlinale und den Grand Prize des San Francisco Filmfestival. Im Jahr 2000 stellte er im "Panorama" der Berlinale mit "Heimspiel" (2000) seinen ersten abendfüllenden Kinodokumentarfilm vor. Der Film über die Berliner Eishockey-Kultmannschaft Eisbären wurde unter anderem mit dem Deutschen Filmpreis für die Beste Regie ausgezeichnet. Zugleich war "Heimspiel" der erste Teil einer Kino-Trilogie aus Sport-Dokumentarfilmen, die Danquart 2004 mit "Höllentour", über die Tour de France, und 2007 mit "Am Limit" über die Extrem-Kletterer Thomas und Alexander Huber, fortsetzte. Beide Filme wurden nicht zuletzt für ihre atemberaubenden Bilder hoch gelobt. Beim Bayerischen Filmpreis 2007 erhielt "Am Limit" zudem den Preis als Bester Dokumentarfilm.

Neben seinen dokumentarischen Arbeiten inszenierte Danquart immer wieder auch Musikvideos, Werbefilme und Spielfilme. So etwa das Fernsehspiel "Mörderinnen" (2002), den Thriller "Semana Santa" (2004), eine internationale Koproduktion mit Mira Sorvino und Olivier Martinez in den Hauptrollen, und die Gaunerkomödie "Basta. Rotwein oder Totsein", die mit Henry Hübchen, Moritz Bleibtreu und Corinna Harfouch zwar ein großes Star-Ensemble vereinte, jedoch weder bei der Kritik noch beim Publikum ein großer Erfolg war.

Anfang 2008 gründete Danquart mit Susa Kusche, Andrea Roman und Uwe Spiller die Produktionsfirma bittersuess pictures GmbH, deren erklärtes Ziel es ist, mit Filmen wie "Shahada" (2010) anspruchsvolle, aber zugleich publikumsträchtige Spielfilme zu finanzieren. Im Frühjahr 2011 kam nach vielen Jahren wieder ein politischer Dokumentarfilm von Pepe Danquart in die Kinos: "Joschka und Herr Fischer" verknüpft ein Porträt des populären Grünen-Politikers mit einem Rückblick auf fünf Jahrzehnte deutscher Geschichte und Politik.

Beim Cottbus Film Festival 2013 stellte Danquart seinen nächsten Spielfilm vor: "Lauf, Junge, lauf!" (DE/FR), eine Verfilmung des Romans von Uri Orlev, der darin die authentische Geschichte des Holocaust-Überlebenden Yoram Fridman verarbeitete. Leichterer Stoff war "Auf der anderen Seite ist das Gras viel grüner" (2017), eine romantische Komödie über eine Frau zwischen zwei Männern, die durch einen Zeitsprung die Chance bekommt, alte Entscheidungen neu zu überdenken.

Eigentlich wollte Danquart danach Jörg Fausers autobiographischen Roman "Rohstoff" verfilmen. Das Drehbuch (Stefan Weigl) war bereits fertig, doch aufgrund anhaltender Finanzierungsprobleme realisierte er schließlich ein anderes Projekt: Von Ende August bis Anfang Oktober 2018 drehte Danquart den Dokumentar- und Reisefilm "Vor mir der Süden"; darin folgt er der Route Pier Paolo Pasolinis, der im Sommer 1959 für eine Zeitschrift einmal ganz um den italienischen Stiefel reiste, insgesamt 3.000 Kilometer. Ursprünglich für einen Kinostart im Sommer 2020 geplant, kam der Film wegen der Corona-Pandemie erst im Sommer 2021 in die Kinos. 

Seit April 2008 ist Pepe Danquart, der zu den Gründungsmitgliedern der Deutschen Filmakademie gehört, als Universitäts-Professor für Film an der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg tätig.