Urs Egger wurde 1953 (laut anderer Quellen 1955) in Bern, Schweiz, geboren. Nach dem Abitur studierte er zunächst an der University of California in Los Angeles, USA, und war danach für diverse Publikationen als Filmkorrespondent in Los Angeles tätig, so etwa für die Neue Zürcher Zeitung. Daneben absolvierte er 1976/77 die Regieklasse des American Film Institute in Los Angeles. Zurück in der Schweiz drehte Egger ab 1980 erste eigene Filme. Außerdem war er bis 1987 als Regie-Assistent tätig, so etwa bei Yves Boissets Agentenfilm "Espion, lève-toi" ("Der Maulwurf", FR/CH 1982) und John Glens James-Bond-Film "The Living Daylights" ("Der Hauch des Todes", GB 1987). Bei Willy Bogners Actionfilm "Feuer, Eis & Dynamit" (1990) war er Regisseur des 2. Stabs.

Der Durchbruch als Regisseur gelang Egger mit dem historischen Drama "Kinder der Landstraße" (CH/DE/AT 1992), über das Schicksal einer jenischen Familie in der Schweiz während des Zweiten Weltkriegs und in der Nachkriegszeit. Seine internationale Premiere hatte der Film im Rahmen des Internationalen Filmfestivals von Locarno. Im gleichen Jahr erhielt er den Großen Preis der Jury und den Preis für die Beste Darstellerin beim Filmfestival von Amiens, Frankreich. Heute zählt "Kinder der Landstraße" zu den Klassikern des neuen Schweizer Films.

Trotz dieses Erfolgs verlegte Egger sich im weiteren Verlauf seiner Karriere fast vollständig auf die Fernseharbeit. Für viel Aufsehen sorgte er mit "Opernball" (1998), nach dem gleichnamigen Roman von Josef Haslinger. Der zweiteilige Politthriller handelte von gewaltsamen Ausschreitungen und einem Giftgas-Anschlag beim Wiener Opernball. Der Film bekam sehr gute Kritiken und wurde auf dem Festival de Télévision de Monte-Carlo als Beste Miniserie und für die Beste Regie ausgezeichnet.

Einen Kinofilm drehte er mit "Epsteins Nacht" (DE/CH/AT 2002), über einen Ex-Häftling (Mario Adorf), der sich jener verhängnisvollen Nacht erinnert, in der er in einem Priester seinen ehemaligen KZ-Peiniger zu erkennen glaubte. Der prominent besetzte Film blieb Eggers letzte Arbeit fürs Kino.

Stattdessen drehte er eine Vielzahl an Fernsehspielen, Mehrteilern und Serienfolgen. Zu seinen wichtigsten Arbeiten gehören die Henning-Mankell-Adaption "Die Rückkehr des Tanzlehrers" (DE/AT 2004), das philosophische Kriminaldrama "Tod eines Keilers" (CH/DE 2005), das Grimme-preisgekrönte DDR-Mauerschützendrama "An die Grenze" (2007) und "Kennedys Hirn" (DE/SE 2010), ebenfalls nach Henning Mankell. Ein großer Erfolg war auch "Der Fall Bruckner" (2014), über eine Mitarbeiterin des Jugendamtes (Corinna Harfouch), die in Schwierigkeiten gerät, als sie auf eigene Faust einer Kindesmisshandlung nachgeht, die sie zunächst nicht beweisen kann. Der Film gewann einen Grimme-Preis und einen deutschen Fernsehpreis für die Beste Regie; Corinna Harfouch wurde mit dem Günter Rohrbach Filmpreis und mit dem Deutschen Schauspielerpreis ausgezeichnet. Das Drama "Ein Kind wird gesucht" (2017), über einen Polizisten, der im aufreibenden Fall eines spurlos verschwundenen Jungen ermittelt, basierte auf dem realen "Fall Mirco" von 2010. Der Film bekam sehr positive Kritiken und wurde beim Deutschen FernsehKrimi-Festival in Wiesbaden mit dem Publikumspreis und mit dem Darstellerpreis für Heino Ferch ausgezeichnet.

Das auf realen Ereignissen basierende, historische Drama "Das Wunder von Wörgl" (AT/DE/IT 2018) zeigte Karl Markovics in der Hauptrolle des berühmten Tiroler Kommunalpolitikers Michael Unterguggenberger. Auch dieser Film war für den Grimme-Preis nominiert und gewann bei der Romy-Verleihung 2019 den Preis als Bester Fernsehfilm. Gesellschaftspolitische Themen behandelte Egger in seinen beiden letzten TV-Filmen: "Kranke Geschäfte" (2019) schilderte, wie das DDR-Regime es westdeutschen Pharmaunternehmen gegen Bezahlung gestattete, neue Medikamente an ostdeutschen Klinikpatienten ohne deren Wissen testen zu lassen. Auch "Die Spur der Mörder" (2019) ging einem realen Fall nach: der Ermordung von sechs Menschen vor einem italienischen Restaurant, auch bekannt als "Mafiamorde von Duisburg", wobei der Film die Geschichte nach Mönchengladbach verlegte. Die Erstausstrahlung fand am 18. Oktober 2019 auf dem Kultursender Arte statt.

Genau drei Monate später, am 18. Januar 2020, starb Urs Egger in seiner langjährigen Wahlheimat Berlin.