Eva Weißenborn wurde 1954 in Thüringen (damals DDR) geboren. Von 1970 bis 1973 absolvierte sie eine Schauspielausbildung an der Hochschule für Schauspielkunst 'Ernst Busch' in Ost-Berlin. Anschließend erhielt sie ihr erstes Engagement am Theater Magdeburg. Von 1974 bis 1989 war sie Ensemblemitglied des Potsdamer Hans Otto Theaters. Zu ihren zahlreichen Rollen dort gehörten die Johanna in "Die heilige Johanna", die Eve in "Der zerbrochene Krug", die Irina in "Drei Schwestern" und der Tiger in der Janosch-Adaption "Oh, wie schön ist Panama". Während dieser Zeit spielte Weißenborn auch erste, vereinzelte Fernsehrollen.

Zur Spielzeit 1989/90 wechselte sie ans Deutsche Theater Berlin, wo sie bis 2002 festes Ensemblemitglied war. Dort sah man sie unter anderem als Biondello in "Der Widerspenstigen Zähmung", als Rosy in "Sugar Dollies", in der Titelrolle von "Richard III." und als Clarice in "Der Diener zweier Herren". Ab Anfang der neunziger Jahre wirkte Eva Weißenborn auch etwas häufiger in Fernseh- und Kinoproduktionen mit, meist in kleineren Nebenrollen. Auf der Kinoleinwand sah man sie als Ärztin in Frank Beyers "Der Verdacht" (1991), als alte Freundin eines ewigen Verlierers in der Komödie in "Oben - Unten" (1994) oder als urbane Aussteigerin in der Milieustudie "Zoe" (1999). Fürs Fernsehen übernahm sie Gastrollen in Serien wie "Polizeiruf 110" und "Wolffs Revier".

Doch erst nachdem Weißenborn das Ensemble des Deutschen Theaters 2002 verlassen und 2003/04 ein Gastengagement am Wiesbadener Theater absolviert hatte, konzentrierte sie sich stärker auf die Arbeit vor der Kamera. In der satirischen Krankenhauskomödie "Die Aufschneider" (2007) war sie eine Neuhessisch sprechende Patientin, in dem Fernsehfilm "Die Masche mit der Liebe" (2007) die Mitarbeiterin eines unseriösen Geschäftsmanns, in der "Tatort"-Folge "Salzleiche" (2008) verkörperte sie eine Friedensaktivistin. Daneben hatte sie Episodenrollen in zahlreichen Serien, etwa als Mutter eines geistig behinderten Sohnes in "In aller Freundschaft (2003), als Mutter einer misshandelten Frau in "KDD – Kriminaldauerdienst" (2007) und als einstiges Vergewaltigungsopfer in "Kommissarin Heller" (2015).

Eine zentrale Rolle spielte Eva Weißenborn in dem preisgekrönten Kinofilm "Lux – Krieger des Lichts" (2017), als Mutter eines jungen Berliners, der in einem selbst gebastelten Superheldenkostüm Gutes tun möchte. 2018 sah man sie in Andreas Dresens Filmbiografie "Gundermann" als Lehrmeisterin des DDR-Liedermachers und Baggerfahrers Gerhard Gundermann (1955-1998). Für diese tragende Nebenrolle wurde sie 2019 für den Deutschen Filmpreis nominiert.