Eberhard Fechner wurde 1926 im schlesischen Liegnitz geboren und wuchs anfangs bei seiner Mutter und seinem Stiefvater Paul Fechner auf. Sein leiblicher Vater Helmut Schmuler, von dem er erst lange Zeit später erfuhr, wurde im KZ ermordet. Fechner ging mit seiner Mutter nach Berlin und absolvierte nach der Schule eine kaufmännische Lehre bei der Ufa. Nach dem Krieg besuchte er die Schauspielschule des Deutschen Theaters und wurde an Bühnen in Hamburg, Hannover, Berlin, Bremen, München und Mailand engagiert. In den 1960er Jahren arbeitete er als Schauspieler und Regisseur am Stadttheater Konstanz und übernahm für eine Spielzeit die stellvertretende Intendanz.

Ab Mitte der 1960er Jahre wurde er als Fernsehregisseur für den NDR tätig. Seine erste Dokumentation "Selbstbedienung" befasst sich mit einem jugendlichen Einbrechertrio. Er spezialisierte sich auf penibel recherchierte und zugleich unterhaltsam aufbereitete Dokumentarfilme. Auch in "Nachrede auf Klara Heydebreck" (1966/1967), seinem abgesehen von der Adaption zweier Hamburger Volksstücke ("Vier Stunden von Elbe1" und "Gezeiten") ersten Spielfilm, rekonstruierte er mit größter Genauigkeit einen Lebenslauf. In "Aus nichtigem Anlass" (1973-1979) versuchte er die Ansätze direkt zu verbinden und entwickelte aus der exakten dokumentarischen Recherche eines Mordfalls ein Spielfilmdrehbuch.

Mit "Tadellöser & Wolff" adaptierte Fechner 1974/1975 für das ZDF Walter Kempowskis Roman über eine Rostocker Familie. 1975 begann seine umfangreiche Beschäftigung mit den Comedian Harmonists, aus der die mehrstündige Dokumentation "Die Comedian Harmonists – sechs Lebensläufe" hervorging, die sich auch mit der Zeit nach der erzwungenen Trennung in der NS-Zeit befasst. 1988 veröffentlichte er außerdem eine auf dem Film beruhende Buchdokumentation. Seinen einzigen Kinofilm "Winterspelt 1944" (1977/1978) drehte er nach dem Roman von Alfred Andersch, in dem ein deutscher Offizier frühzeitig vor den Amerikanern kapitulieren und so weiteres Blutvergießen vermeiden möchte.

Über fast ein Jahrzehnt hinweg arbeitete Fechner 1975-1984 an seinem nach eigener Einschätzung wichtigsten Werk "Der Prozess". Aus Gerichtsakten, Bildmaterial und zahllosen Interviews mit Prozessbeteiligten entstand eine Darstellung des sogenannten Majdanek-Verfahrens, des längsten Strafprozesses der bundesrepublikanischen Geschichte, in dem sich ehemalige Mitarbeiter des nämlichen Konzentrationslagers zu verantworten hatten. Zu seinen weiteren Projekten in den Folgejahren gehörte eine Adaption von Ralph Giordanos Roman "Die Bertinis", die er krankheitsbedingt nicht selbst realisieren konnte, die Seefahrer-Dokumentation "La Paloma" (1987-1989) und die Flüchtlingsgeschichte "Wolfskinder" (1989-1991). Immer wieder trat er auch als Nebendarsteller in Kino- und Fernsehfilmen auf, z.B. in "Die Geschwister Oppermann" (1982) oder zuletzt in "Das Heimweh des Walerjan Wrobel" (1990/1991).

Fechner starb 1992 in Hamburg, wo er mit seiner Frau und Mitarbeiterin Jannet Gefken zusammen lebte. Mit seinem sehr eigenen "realistischen" Stil zwischen Dokumentation und Fiktion nimmt er eine singuläre Stellung in der deutschen Fernsehhistorie ein. Seine Filme, die in zahlreichen Retrospektiven im In- und Ausland zu sehen waren, ergeben in ihrer Gesamtheit ein umfassendes Panorama der deutschen Geschichte.