Margot Trooger wurde am 2 Juni 1923 im thüringischen Rositz geboren. Nach Schulabschluss und Ausbildung arbeitete sie zunächst als Sekretärin in Innsbruck, ab 1945 privater Schauspielunterricht in München. 1946 bekam sie erste Bühnenrollen in Bamberg, es folgten zahlreiche Theaterengagements, darunter in Bremen, Stuttgart, Hamburg und Berlin. Neben der Bühne fand Margot Trooger in dieser Zeit auch Beschäftigung als Radio- und Synchronsprecherin, nicht zuletzt dank ihrer markanten Stimme, die später ein Markenzeichen der Darstellerin werden sollte.

Ihr kaum beachtetes Filmdebüt gab sie bereits 1949 in einer Nebenrolle des Heinz Rühmann-Films "Ich mach" dich glücklich" und es dauerte bis in die 1960er Jahre, bevor das Publikum Notiz von ihr nahm. Der Erfolg kam schließlich mit dem TV-Straßenfeger "Das Halstuch" und den immens erfolgreichen Edgar-Wallace-Filmen: In Produktionen wie "Der Hexer" und "Das Verrätertor" spielte Trooger mit Verve die mysteriöse britische Lady und war fortan auf Rollen im populären Krimigenre abonniert. Gelegentlich sah man die Schauspielerin jedoch auch in Filmen abseits des Mainstreams, wie "Jet-Generation" von Eckhart Schmidt oder Peter Zadeks Agit-Prop-Werk "Ich bin ein Elefant, Madame". Eine ihrer unvergessenen Rollen ist auch das strenge Fräulein Prüsselius in den "Pippi Langstrumpf"-Verfilmungen, in denen die attraktive Darstellerin als hysterisch aufgetakelte Pädagogin ihr komödiantisches Talent bewies.

In den 1970er Jahren zog sich Margot Trooger – deren 1955 geborene Tochter Sabina Trooger ebenfalls Schauspielerin wurde – aus Gesundheitsgründen zurück. Am 24. April 1994 verstarb sie im Alter von 70 Jahren in Mörlenbach im Odenwald.