Michael Loeken wurde 1954 in Neviges geboren und studierte Theater-, Film- und Fernsehwissenschaft in Köln. Sein Regiedebüt gab er 1981 mit dem Dokumentarfilm "Ich hatte schon begonnen, die Freiheit zu vergessen". Von 1982 bis 1996 arbeitete er als Tonmeister bei zahlreichen Dokumentar- und Spielfilmproduktionen, darunter "Von Richtern und anderen Sympathisanten" (1982), Douglas Wolfspergers "Probefahrt ins Paradies" (DE/CH 1992) und Thomas Bergmanns und Mischka Popps "Herzfeuer" (1993). 

1996 gründete er mit Ulrike Franke die Filmproduktionsfirma loekenfranke. Ihr gemeinsames Regiedebüt gaben die beiden mit dem Kino-Dokumentarfilm "Und vor mir die Sterne..." (1998) über das Leben der Schlagersängerin Renate Kern. Für ihren zweiten Film "Herr Schmidt und Herr Friedrich" (2001), über zwei Langzeitarbeitslose aus West- und Ostberlin, gewannen sie beim Festival des Deutschen Kinos in Mainz (heute: Filmz Mainz) den Publikumspreis. In "Soldatenglück und Gottes Segen" (2002) begleiteten sie deutsche Soldaten der internationalen Schutztruppe ISAF durch ihren privaten Alltag in Afghanistan. 

Ein großer Erfolg war "Losers and Winners" (2006), über den Abbau der Kokerei Kaiserstuhl, die in Einzelteile zerlegt und vom Ruhrgebiet nach China verschifft wurde, ausgeführt von 400 chinesischen Arbeitern, die unter extremer Belastung in 60-Stunden-Wochen arbeiteten. Der Film wurde vielfach ausgezeichnet, unter anderem mit dem Grimme-Preis, dem Kritiker*innenpreis beim Chicago International Documentary Film Festival und dem Golden Remi Award beim Houston International Film Festival. 

Für "Arbeit Heimat Opel" (2012) begleitete das Duo sechs Jugendliche zwischen 16 und 19 Jahren, die 2009 ihre Ausbildung zum Industriemechaniker im Bochumer Opel-Werk begannen. "Göttliche Lage" (2014) schilderte den Verlauf eines gewaltigen, luxuriösen Bauprojekts im Dortmunder Stadtteil Hörde auf dem ehemaligen Thyssenkrupp-Stahlwerksgelände, und wie die alteingesessenen Anwohner*innen dazu stehen. Dieser Film brachte Loeken und Franke einen weiteren Grimme-Preis, den Lorry Journalistenpreis sowie einige weitere Auszeichnungen ein. 

Neben der Arbeit als Filmemacher und Produzent ist Michael Loeken auch als Dozent tätig zum Beispiel an der ifs Köln, dem Filmhaus Köln und der Medienakademie des ZDF. Außerdem realisierte er Projekte mit Künstler*innen aus anderen Disziplinen, zum Beispiel mit der Theatergruppe Rimini Protokoll, den Ruhrfestspielen Recklinghausen, dem Schauspielhaus Bochum und dem Theater Dortmund. 

Bei den Hofer Filmtagen 2021 präsentierten Loeken und Franke ihren 2014 begonnenen Dokumentarfilm "We Are All Detroit - Vom Bleiben und Verschwinden", ein Porträt der Industriestädte Bochum und Detroit, ihrer Bewohner*innen und ihrer Probleme nach dem Weggang der Autoindustrie. Der Kinostart war im Mai 2022.