Stephan Müller wurde am 22. Mai 1981 in Worms geboren und studierte nach dem Abitur von 2004 bis 2009 Visuelle Kommunikation in Hamburg. Seinen ersten Festivalfilm "Nasse Zigarren für Berlin", der im Umfeld des Bundestagswahlkampfes 2002 gedreht und 2003 geschnitten wurde, präsentierte Müller 2004 auf dem Deutschen Jugendvideopreis, wo er den Publikumspreis gewann. Für seinen 2004 entstandenen Kurzfilm "Fliegenpflicht für Quadratköpfe" erhielt Müller zahlreiche Auszeichnungen, darunter den Jurypreis der Oberhausener Kurzfilmtage, Publikumspreise in Regensburg und Annecy und den Bild-Kunst Förderpreis für Experimentellen Film auf der KunstFilmBiennale Köln.

2010 gründete er gemeinsam mit Erik Schmitt die Berliner Produktionsfirma Kamerapferd. Die Gemeinschaftsarbeit "Nicht nur der Himmel ist blau" brachte den beiden Auszeichnungen in Mainz (Bester Kurzfilm bei FILMZ), Berlin und Las Vegas (jeweils Preise beim 48 Hour Film Project) ein.

Für den Kurzfilm "Nun Sehen Sie Folgendes", einem nicht ganz ernst gemeinten Leitfaden für angehende Filmemacher, erhielten beide 2011 den Deutschen Kurzfilmpreis und den "Next Generation Short Tiger" der FFA mit der damit verbundenen Präsentation in Cannes. Bei Frieder Schlaichs Jugenddrama "Weil ich schöner bin" zeichneten Müller und Schmitt zudem für die Animationen des Kinofilms verantwortlich.

Der 2012 entstandene Kurz-Experimentalfilm "Nashorn im Galopp" wurde auf dem Fünfseen-Filmfestival 2013 zum Sieger des Kurzfilmwettbewerbs Goldenes Glühwürmchen gekürt.