Jo Baier wurde am 13. Februar 1949 in München geboren. Nach dem Abitur studierte er Theaterwissenschaft, Germanistik und Amerikanistik an der Ludwig Maximilians Universität und promovierte 1980 zum Dr. phil. Er lebt in München, ist verheiratet und hat einen Sohn.
Seit 1979 ist Jo Baier Regisseur. Zunächst beginnt er mit Dokumentationen und dreht von 1976 bis 2003 über 60 Fernsehfeatures und Dokumentarfilme. Seit1984 entstehen parallel dazu - und anfangs in großen Abständen – auch fiktionale Filme. Die Drehbücher dafür schreibt er meist selbst.

Unter seinen zahlreichen Auszeichnungen sind Adolf Grimme Preise für "Schiefweg" (1989), für den Mehrteiler "Der Laden" (1998) nach dem Roman von Erwin Strittmatter und "Wambo" (2002) mit Jürgen Tarrach sowie eine Bundesfilmpreis-Nominierung für den Kinofilm "Wildfeuer" (1992) und der Deutsche Fernsehpreis für "Stauffenberg" (2004) mit Sebastian Koch in der Titelrolle. Außerdem erhält Baier für seine Regiearbeit 2003 das Bundesverdienstkreuz.

Nachdem er sich in dem Fernsehspiel "Nicht alle waren Mörder" erneut mit einer Geschichte aus dem "Dritten Reich" befasst hat, geht Baier für seinen nächsten Kinofilm noch weiter zurück in die europäische Historie: "Henri 4" schildert mit großem Aufwand das Leben des legendären französischen Königs. Einem ganz anderen Thema wendet er sich in seinem nachfolgenden Film zu: "Das Ende ist mein Anfang" basiert auf den Memoiren eines Asien-Korrespondenten des "Spiegel", der nach seiner Krebs-Diagnose die letzten Jahre seines Lebens bis kurz vor seinem Tod bei einem Waisen im Himalaya verbrachte.