Angesiedelt im Arizona des Jahres 1869 erzählt der Animationsfilm "Winnetoons" von den Abenteuern des legendären Western-Duos Old Shatterhand und Winnetou. Die Blutsbrüder haben alle Hände voll zu tun und müssen jede Menge Abenteuer bestehen. So gilt es, den skrupellosen Colonel Brinkley dingfest zu machen, der mit seiner Bande Züge ausraubt und dadurch den Ausbau der wichtigen Eisenbahnlinie verzögert. Als Brinkley erfährt, dass der Waisenjunge Bobby eine geheimnisvolle Landkarte besitzt, die den Weg zu einem verborgenen Schatz im Silbersee weist, entführt er den Jungen und Winnetous Schwester Nscho-tschi, um in den Besitz der Karte zu gelangen. Damit beginnt für Winnetou und Old Shatterhand eine fieberhafte Jagd: Sie müssen die Banditen fangen, bevor sie Bobby und Nscho-tschi etwas antun können.