Werner Nekes, geboren am 29. April 1944 in Erfurt, aufgewachsen in Duisburg-Hamborn, studierte ab 1963 Sprachwissenschaft und Psychologie in Freiburg, ab 1964 in Bonn, wo er Leiter des studentischen Filmclubs und Leiter der Dachorganisation der studentischen Filmclubs Deutschlands (FIAG) wurde. 1965 drehte er erste Experimentalfilme im 8mm- und 16mm-Format. 1966 war er Initiator und Mitveranstalter der ersten Internationalen studentischen Filmwoche Mannheim. Er lernte die Malerin Dore O. kennen, mit der er im November 1967 nach Hamburg zog und die fortan in vielen seiner Filme als Darstellerin mitwirkte. Ebenfalls 1967 war Nekes neben Heinz Emigholz, Helmut Herbst, Thomas Struck und Klaus Wyborny Mitbegründer der Hamburger Filmemacher Cooperative und Mitorganisator der "Hamburger Filmschau".

Internationale Anerkennung erhielt Nekes erstmals 1968, als sein kurzer Experimentalfilm "schwarzhuhnbraunhuhnschwarz-huhnweißhuhnrothuhnweiß oder put-putt" den Internationalen Filmpreis beim Filmfestival São Paulo erhielt. Im Jahr darauf wurde er für "Tarzans Kampf mit dem Gorilla" (1968), "Vis-à-vis" (1968) und "Zipzibbelip" (1968) mit dem "Bambi" für die "ungewöhnlichsten Filme des Jahres" ausgezeichnet; 1970 erhält "jüm-jüm" (1967) ein Filmband in Silber für den Besten Kurzfilm: Der zehnminütige Film zeigt Dore O. auf einer Schaukel schwingend, vor einem überdimensionalen, gemalten Phallus; der Bewegungsablauf ist durch eine mathematisch strukturierte Montage neu organisiert. Für Aufsehen sorgt auch Nekes' Stummfilm "Kelek" (1968), in dem der Kinozuschauer zum Voyeur wird, der aus einem vergitterten Kellerfenster heraus die Straße und die vorbeigehenden Passanten beobachtet. Von 1969 bis 1972 war Nekes Professor an der Hochschule für Bildende Künste in Hamburg. Auf der Documenta 5 (1972) in Kassel laufen in der Abteilung "Filmschau: New European Cinema" mehrere seiner Filme.

Seinen ersten Langfilm drehte Werner Nekes mit "Uliisses" (1980-82): Die in englischer Sprache gedrehte Filmcollage verknüpft die Geschichte von Homers "Odyssee" mit James Joyces Roman "Ulysses"; zugleich bindet Nekes Theaterszenen aus dem 24-Stunden-Stück "The Warp" des englischen Science-Fiction-Autors Neil Oram, sowie des Fotografen Uli aus Essen in den Film ein. Auf formaler Ebene nutzte er unterschiedlichste Filmtechniken: Er zerlegte Filmstreifen, verwendete computergesteuerte Blendenshutter, nutzte Laserstrahlen, Holographien und griff auf alte kinematografische Techniken zurück. "Uliisses" wurde unter anderem mit dem Preis der deutschen Filmkritik für den Besten Spielfilm ausgezeichnet.

Nach einer Gastprofessor in Wuppertal war Nekes von 1982 bis1984 Professor für Film an der Kunsthochschule Offenbach (heute: Hochschule für Gestaltung), wo er Christoph Schlingensief kennenlernte. Schlingensief wirkte als Aufnahmeleiter, Kameraassistent und Darsteller 1986 auch an Nekes’ "Johnny Flash" mit, einer Hommage an die Filme von Karl Valentin und Liesl Karlstadt. Helge Schneider spielt darin einen Elektriker aus dem Ruhrpott, der von einer Musikkarriere träumt.

Im Lauf der Jahr avancierte Nekes auch zu einem bedeutenden Sammler historischer Objekte aus der Vor- und Frühgeschichte des Kinos, darunter optische Spielzeuge, Laterna Magicas und Panoptiken, die auch in seinen Filmen zum Einsatz kamen. Seine Sammlung wurde mehrfach ausgestellt und war Thema seines Dokumentarfilms "Was geschah wirklich zwischen den Bildern?" (1985) sowie seiner TV-Reihe "Media Magica" (1995). Mit "Der Tag des Malers" (1997) drehte Nekes noch einmal einen abendfüllenden Film: Eine experimentelle Annäherung an die Künstler Henri Matisse, Marcel Duchamp und Albrecht Dürer, bei der er künstlerische Abstraktionen von nackten Modellen zeigt. 2004 und 2006 war Nekes Gastprofessor an der Hochschule für Bildende Künste Hamburg. 2009 wurde er in die Klasse der Künste der Nordrhein-Westfälischen Akademie der Wissenschaften und der Künste aufgenommen. Zwischen 2008 und 2011 realisierte er noch mehrere experimentelle Kurzfilme.

Am 22. Januar 2017 starb Werner Nekes in seinem Wohnort Mülheim an der Ruhr.