Susanne Binninger wurde 1966 in Nördlingen geboren. Sie studierte Philosophie und Kunstwissenschaften sowie Visuelle Kommunikation (Fachrichtung Fotografie und Film), zunächst an der GHK Kassel (1988-91), dann an der Hochschule der Künste Berlin und der FU Berlin (1991/92). Nach ihrem Abschluss nahm sie 1992 ein Regiestudium an der Hochschule für Film und Fernsehen 'Konrad Wolf' in Potsdam-Babelsberg auf, das sie im Jahr 2000 abschloss. Bereits während des Studiums realisierte Binninger ihren ersten langen Dokumentarfilm "Die Kandidaten" (1997), über eine Reihe von Kandidaten der beliebten Fernsehshow "Wetten, dass…?". "Die Kandidaten" feierte seine Uraufführung als Eröffnungsfilm der Duisburger Filmwoche 1997 und erhielt sehr positive Kritiken. Ihr Abschlussfilm "Kalte Krieger" (2000), über Jugendliche der linken Szene Berlins im Jahrzehnt vor dem Mauerfall, war für den First Steps Award nominiert.

Von 2002 bis 2005 entwickelte Binninger als Producerin für die U5-Filmproduktion Frankfurt diverse Doku-Reihen und Dokumentarfilme. Daneben war sie als Producerin für andere Produktionsfirmen tätig und drehte mehrere eigene Dokumentarfilme und Doku-Reihen. So etwa die zehnteilige Reihe "Damals in der DDR: Vereint für immer" (2005, zusammen mit Britt Beyer), über ostdeutsche Einzelschicksale in den Monaten nach der Wiedervereinigung, und den Dokumentarfilm "UTC – Die Welt um Mitternacht: Bad" (2007), in dem vier Geschichten von Bädern und Badenden in Asien, den USA, Südamerika und Europa erzählt werden.

Gemeinsam mit Andreas Goldstein gründete Susanne Binninger im Jahr 2008 die Produktionsfirma Oktoberfilm. Mit ihr produzierte sie unter anderem den Kurz-Dokumentarfilm "Der Müll und das Mädchen" (2011) für die 3sat-Doku-Reihe "Mädchengeschichten" und Britt Beyers preisgekrönten Kino-Dokumentarfilm "Werden Sie Deutscher" (2011).

Binningers eigener Dokumentarfilm "Reine Männersache" (2011, TV), für den sie Orte besuchte, an denen Männlichkeitsbilder geprägt werden, feierte beim Kasseler Dokfest Uraufführung und war 2012 für den Grimme-Preis nominiert. Ihr Kino-Dokumentarfilm "Fighter" (2016), über die Sportart Mixed Martial Arts und das sogenannte "Cage Fighting", wurde beim DOK Fest Leipzig mit dem Gedankenaufschluss-Preis geehrt. Im Mai 2017 startete "Fighter" regulär in den Kinos.

Neben ihrer Tätigkeit als Produzentin, Autorin und Regisseurin war und ist Susanne Binninger als Dozentin unter anderem an der Filmuniversität Babelsberg, der Deutschen Film- und Fernsehakademie Berlin und der Freien Schule Filmarche Berlin tätig.