Stefan Prehn wurde am 22. November 1963 in Bad Schwartau geboren. Nach einem Studium der Visuellen Kommunikation an der Hochschule für Bildende Kunst in Hamburg arbeitete er als Kamera-Assistent und Operator für zahlreiche Fernsehproduktionen und produzierte unter anderem Beiträge für die Sendung "Aktenzeichen XY ungelöst" (ZDF).

Sein bekanntester Kurzfilm "Staplerfahrer Klaus – Der erste Arbeitstag" (2001), den er Zusammen mit Jörg Wagner produzierte, erlangte nicht zuletzt durch die (unbeabsichtigte) rasante Verbreitung über das Internet Kultstatus. Die Splatter-Parodie auf  berufsgenossenschaftliche Lehrfilme über Arbeitssicherheit und Unfallverhütungsvorschriften lief 2001 als Wettbewerbsbeitrag auf den Filmfestspielen in Cannes. Der Kurzfilm erhielt zudem zahlreiche Ehrungen, darunter Auszeichnungen in Valencia, San Sebastian, Brüssel, einen FIPRESCI-Kritiker-Preis und den Kurzfilmpreis der Friedrich-Wilhelm-Murnau-Stiftung. Der Film zählt aufgrund seiner Vermarktungsstrategie – er wurde zusammen mit einem achtzigminütigen Making-Of als DVD über große Vertriebswege verbreitet – als der bislang kommerziell erfolgreichste deutsche Kurzfilm. 

Seit 1988 ist Prehn Mitarbeiter der Künstlergruppe "Reproducts", die Collagen aus deutschen TV-Klassikern zusammenstellt.

Sein zweiter Kurzfilm "Go Bash!", den er 2010 zusammen mit "Reproducts" - Kollegen Stefan Eckel produzierte, handelt von dem fiktiven Jugendsportphänomen "Bashing" – das ungebremste Rennen gegen Wände, Mauern und Fassaden. Der Film gewann auf den Nordischen Filmtagen Lübeck den Preis als bester Kurzfilm.