Christoph Hübner, geboren am 26. Dezember 1948 in Heidelberg, macht in Hamburg das Abitur und studiert in Heidelberg Jura. 1967 Beginn mit fotografischen Arbeiten und Theaterarbeit im Heidelberger "Theater im Gewölbe". Er setzt das Jurastudium in München bis 1971 fort. Bis 1975 studiert er dann an der Hochschule für Fernsehen und Film (HFF) in München. 1975-78 ist Hübner Dozent an der Filmklasse der Hochschule für Bildende Künste (HfbK) Hamburg. Es folgen weitere Lehrtätigkeiten an verschiedenen Universitäten, Kunstakademien und Filmhochschulen und Reisen für das Goethe-Institut in alle Welt. Seit 1975 ist Hübner als Regisseur und Produzent tätig.

1978 zieht Hübner in das Ruhrgebiet. Er ist Mitbegründer des Ruhrfilmzentrums und gründet eine eigene Filmproduktion. Es sollen Filme über und für das Ruhrgebiet entstehen. Hübner nimmt ebenso teil an der Gründung des Filmbüros NW und des Europäischen Dokumentarfilminstituts (EDI). Mit der Dokumentation "Lebensgeschichte des Bergarbeiters Alfons S." (1978), einem biographischen Interview in acht Filmen von Gabriele Voss und Christoph Hübner, wird Geschichte anhand einer einzelnen Person nachvollziehbar widergespiegelt. Dafür erhalten beide 1980 den Adolf-Grimme-Preis.

Mit "Prosper-Ebel – Chronik einer Zeche und ihrer Siedlung" unternimmt Hübner den Versuch einer individuellen, facettenreichen, aber ruhrpott-typischen Dokumentation einer Zeche im Bergbaugebiet von Nordrhein-Westfalen. 1989 entsteht die Dokumentation "Vincent van Gogh – Der Weg nach Courrières", wieder mit Gabriele Voss. Der Film erzählt anhand von Briefen des Malers an seinen Bruder die unbekannten Anfänge van Goghs. "Anna Zeit Land" (1994) erzählt die Geschichte zweier Frauen in Deutschland über vier Jahre hinweg und verwendet dabei fiktionale wie dokumentarische Elemente. 1994-2000 entwickelt Hübner das Projekt "Dokumentarisch arbeiten", in dessen 13 Folgen er sich u.a. mit Regisseuren wie Johan van der Keuken, Volker Koepp und Klaus Wildenhahn über das Spezifische des Dokumentarischen unterhält. Verschiedene Lehraufträge führen ihn in diesem Zusammenhang durch Europa, die USA, Südamerika, Süd- und Südostasien und Afrika. In "Thomas Harlan / Wandersplitter" porträtiert Hübner den Filmemacher und Autor, Weltenbummler und Nazi-Verfolger Thomas Harlan, Sohn von Veit Harlan.

Christoph Hübner lebt mit Gabriele Voss, die bei den meisten seiner Filme mitgewirkt hat, in Witten/Nordrhein-Westfalen.