Onkel Boonmee kehrt nach einem akuten Nierenversagen zurück aufs Land und in den Kreis seiner Familie, um dort die Zeit zu verbringen, die ihm noch bleibt.
Seine Schwester, ein junger Verwandter und ein illegal eingewanderter Pfleger aus Laos kümmern sich um ihn. Boonmee erscheint der Geist seiner verstorbenen Ehefrau Huay, die ebenfalls für ihn sorgt und sein schlechtes Gewissen zu beruhigen versucht, das ihn plagt, weil er im Krieg viele Kommunisten erschossen hat. Im Wald begegnen Boonmee und Huay auch ihrem verschollenen Sohn Tong in Gestalt eines Waldgeistes mit leuchtenden roten Augen. Gemeinsam machen sich die drei auf die Suche nach dem Ursprung von Onkel Boonmees erstem Leben.