Christian Weisenborn wurde 1947 in Berlin als Sohn des Schriftstellers und Widerstandskämpfers Günther Weisenborn (1902-1969) geboren. Von 1967 bis 1969 arbeitete er als Regie- und Dramaturgie-Assistent an den Städtischen Bühnen in Flensburg und Nürnberg. 1970 nahm er in München ein Studium an der Hochschule für Film und Fernsehen (HFF) auf, das er 1974 abschloss. Im gleichen Jahr gründete er die Nanuk-Filmproduktion, mit der er sich auf die Realisierung von Dokumentationen spezialisierte. Seinen ersten Kino-Dokumentarfilm drehte Weisenborn gemeinsam mit Erwin Keusch: "Was ich bin, sind meine Filme" (1976-78), ein Porträt des Filmemachers Werner Herzog.

In erster Linie konzentrierte Weisenborn sich aber aufs Fernsehen, für das er zahlreiche Reportagen und Dokumentarfilme drehte. So etwa die zweiteilige Langzeitbeobachtung "Der Rasen ihrer Träume" (1976-1980), über jugendliche Fußballnationalspieler, "Zu Besuch bei Rolf Zehetbauer" (1979), über den renommierten Bühnenbildner, und "Vom Ende der Zeit" (1983), über zwei Familien, die über mehrere Tage ihre Atombunker testen. Fürs Kinderprogramm realisierte Weisenborn die Reihen "Da schau her!" (1981-86) , in der ungewöhnliche Berufe vorgestellt wurden, und "Geschichten von anderswo" (1988-92), über das Leben und den Alltag von Kindern in fernen Ländern.

Zu Weisenborns zahlreichen weiteren Arbeiten gehören unter anderem der Kurz-Dokumentarfilm "Mein Vater, mein Land" (1991), über einen Huli-Krieger aus Papua-Neuguinea, der seinen Sohn in die Kunst des Lebens und Überlebens einweist; "Rumba, Rum und die Schwierigkeit zu leben" (1993), das Porträt einer Tänzerin aus Havanna, Kuba; und "Die unsichtbaren Mörder" (1997, TV), über die tödlichen Auswirkungen der vergessenen Bürgerkriegs-Landminen in Kambodscha. Zwischen 2000 und 2009 drehte er außerdem mehrere Folgen der TV-Doku-Reihe "Legenden", zum Beispiel über Niki Lauda, Muhammad Ali und Peter Frankenfeld. Neben seiner Arbeit als Filmemacher übernahm Weisenborn im Lauf der Jahre immer wieder auch Lehrtätigkeiten, so etwa an seiner Alma Mater HFF (1978-83) und bei Seminaren und Workshops unter anderem in Singapur, Ägypten und Bangladesch.

Beim Filmfest München 2010 stellte Weisenborn den Kinofilm "Was ich bin sind meine Filme - Teil 2 - Nach 30 Jahren" vor, eine Fortsetzung seines Werner-Herzog-Porträts. In den Jahren danach folgten weitere Fernsehprojekte, darunter der viel beachtete und hoch gelobte Dokumentarfilm "Verräterkinder" (2014), über Töchter und Söhne von Widerstandskämpfern gegen die Nazis – ein Thema, das Weisenborn durch seine eigene Biografie sehr nahe war.

Den eigenen Familienhintergrund rückte Weisenborn dann in seinem nächsten Kinofilm in den Mittelpunkt: "Die guten Feinde" (2015-2017) erzählt die Geschichte seines Vaters, der nur knapp der Hinrichtung durch die Nazis entging und nach dem Krieg vergeblich versuchte, den ehemaligen Nazi-Richter Manfred Roeder vor Gericht zu bringen. Der Film feierte beim Münchner DOK.fest 2017 Premiere und startete im Juli 2017 regulär in den Kinos.