Markus Mischkowski wurde am 7. Oktober 1966 in Köln geboren und studierte Sprach- und Literaturwissenschaften in Berlin. Ab 1990 realisierte er zahlreiche Kurzfilme, meist gemeinsam mit Kai Maria Steinkühler, mit dem er bis heute zusammenarbeitet. Dabei zeichnete Mischkowski von Beginn an neben der (Co-)Regie häufig auch als Autor und Produzent verantwortlich; daneben fungierte (und fungiert) er vereinzelt auch als Kameramann, Schauspieler und Editor.

Mitte der 1990er Jahre wurde Mischkowski Mitglied des Kölner Filmclub 813 und der sogenannten "Kölner Gruppe", einem losen Zusammenschluss von Kölner Filmemachern, dem unter anderem auch Bernhard Marsch und Rainer Knepperges angehören. 1996 drehten Mischkowski und Steinkühler "Westend", mit dem sie ihren "Kölner Westend-Zyklus" starteten, eine Reihe von kurzen, in schwarz-weiß gedrehten Spielfilmkomödien, in deren Mittelpunkt die im Kölner Vorort Westend lebenden, arbeitslosen Kumpels Mike und Alfred stehen. Die beiden werden von Mischkowski und Steinkühler selbst gespielt. "Die Idee des Zyklus ist", so die beiden Filmemacher, "mit immer wiederkehrenden Figuren von Film zu Film einen eigenen filmischen Kosmos aufzubauen, der seiner eigenen Ästhetik folgt, seine eigene Sprache entwirft, seine eigenen Mythen erschafft." 1998 folgte mit "Was tun" der zweite Teil des Zyklus.

2000/2001 studierte Mischkowski Drehbuch und Dramaturgie an der Internationalen Filmschule Köln. Sein abendfüllendes Kinodebüt gab er mit "Westend" (2001, zusammen mit Kai Maria Steinkühler), dem dritten Teil des "Kölner Westend-Zyklus". Der Film wurde im Oktober 2001 bei den Internationalen Hofer Filmtagen uraufgeführt; weitere Festivalaufführungen, unter anderem in Warschau und Rotterdam, folgten. Im Oktober 2003 startete "Westend" in den deutschen Kinos.

In den folgenden Jahren realisierte das Duo Mischkowski/Steinkühler eine Reihe kurzer Spiel- und Dokumentarfilme; dabei setzten sie mit "Wolga" (2003), "Waldmeister" (2007) und "Wellenreiter" (2010) ihren "Westend-Zyklus" fort. In den Dokumentarfilmen "Warteschleifen" (2010), über die Arbeit in Callcentern, und "Wolkenheime" (2012), über das Thema Depressionen, entwickelten sie ein besonders filmisches Konzept: Die Schauspieler verkörpern in inszenierten Interviewsituationen bestimmte Charaktere und tragen recherchiertes Material vor, zugleich aber lassen sie in improvisierter Form persönliche Erlebnisse in die Erzählungen einfließen.

Bei den Oberhausener Kurzfilmtagen 2014 feierte mit dem 25-minütigen Spielfilm "Wettbewerber" der siebte Teil des "Westend-Zyklus" Premiere. Im Jahr darauf wurde bei den Hofer Filmtagen der abendfüllende Kinospielfilm "Weiße Ritter" (2015), der achte Teil des "Westend-Zyklus, uraufgeführt. Fast genau ein Jahr später, in Oktober 2016, startete "Weiße Ritter" regulär in den Kinos.

Im selben Jahr veröffentlichten Steinkühler und Mischkowski ihren Kurzfilm "Der Wechsel". Die sechsminütige Stummfilm-Hommage wurde mit dem Jury-Preis und 3. Publikumspreis beim exground Filmfest Wiesbaden sowie dem 1. Preis im NRW-Wettbewerb der Kurzfilmtage Oberhausen ausgezeichnet.