Kerstin Stutterheim, geboren am 17. Mai 1961 in Berlin (Ost), absolvierte zunächst eine Ausbildung zur Wirtschaftskauffrau und arbeitete unter anderem in den Staatlichen Museen zu Berlin. 1985 nahm sie ein Studium der Theaterwissenschaft und kulturellen Kommunikation an der Theaterhochschule Leipzig und der Humboldt-Universität Berlin auf, das sie 1990 mit Diplom abschloss. Im Anschluss war sie 1991 als Lektorats-Leiterin in der Chefredaktion Programm des Deutschen Fernsehfunks tätig.

Zwei Jahre später realisierte sie für das ZDF ihren ersten Dokumentarfilm "Die Wäscherei - ein Herz für Umwelt und Gewebe" über eine kleine, familiär betriebene Wäscherei am Rande Berlins. Der Film lief auf mehreren internationalen Dokumentarfilmfestivals und wurde für den Grimme Preis nominiert. Nach zwei weiteren Kurzdokumentarfilmen begann 1995 bei dem Dokumentarfilm "Original Wolfen. Aus der Geschichte einer Filmfabrik", über die Filmfabrik Wolfen bei Bitterfeld, ihre Zusammenarbeit mit Niels Bolbrinker. Gemeinsam realisierten Stutterheim und Bolbrinker in den folgenden Jahren eine Reihe von Kino-Dokumentarfilmen, darunter "Bauhaus – Mythos und Moderne" (1998) und "Die Thuranos – Leben auf dem Drahtseil" (2003) über die gleichnamige Artisten-Dynastie.

Parallel zu ihrer Arbeit als Filmemacherin absolvierte Stutterheim 1999 ihre Promotion an der Philosophischen Fakultät der Humboldt-Universität Berlin zum Thema "Okkulte Hintergründe in dokumentarischen Filmen des 'Dritten Reiches'". Von 2001 bis 2006 war sie als Professorin für Film & Video an der Fakultät Gestaltung der FH Würzburg-Schweinfurt tätig, gefolgt von einer Professur für Mediendramaturgie und -Ästhetik an der Hochschule für Film und Fernsehen "Konrad Wolf" in Potsdam, wo sie von 2008 bis 2011 auch das Institut für künstlerische Forschung leitete.

2009 legte Stutterheim, wieder in Zusammenarbeit mit Niels Bolbrinker, zwei abendfüllende Kino-Dokumentarfilme vor: "Bauhaus - Modell und Mythos", eine neue Fassung des früheren Bauhaus-Films, und "Fliegen und Engel", der den bedeutenden russischen Maler, Zeichner, Illustrator und Installationskünstler Ilya Kabakov porträtiert.

Seit September 2015 lehrt Kerstin Stutterheim als Professor of Media and Cultural Studies an der Bournemouth University und leitet dort den MA Directing Film & Television.