Stefan Haupt, geboren 1961 in Zürich (Schweiz), absolvierte nach dem Realgymnasium zunächst eine Ausbildung zum Lehrer, gefolgt von einem Studium der Theaterpädagogik an der Schauspiel-Akademie Zürich (1985–1988). 1989 begann er als freier Regisseur und Produzent zu arbeiten.  

Sein erster abendfüllender Kinofilm, die Coming-of-Age-Geschichte "Utopia Blues" (CH 2001), wurde beim Filmfestival Max Ophüls Preis 2002 mit dem Drehbuchpreis und dem Interfilmpreis ausgezeichnet. Beim Schweizer Filmpreis erhielt Utopia Blues die Auszeichnung als Bester Spielfilm. Auch Haupts zweiter Kinofilm lief auf mehreren Festivals: "Moritz" (CH 2003), die Geschichte eines Zehnjährigen, der während einer längeren Erkrankung seiner Mutter bei einem schwulen Nachbarspaar unterkommt – was Behörden und Dorfbewohner*innen gar nicht gefällt.  

Ein großer Erfolg war "Elisabeth Kübler-Ross" (CH 2003), ein Dokumentarfilm über die titelgebende Sterbeforscherin, der europaweit über 300.000 Besucher*innen hatte und beim Schweizer Filmpreis als Bester Dokumentarfilm nominiert war. Auch "Ein Lied für Argyris" (CH 2006), über das Leben von Argyris Sfountouris, der 1944 als knapp Vierjähriger das berüchtigte Massaker von Distomo überlebte, wurde beim Schweizer Filmpreis als Bester Dokumentarfilm nominiert.  

Von 2008 bis 2010 war Stefan Haupt Präsident des Verbands Filmregie und Drehbuch Schweiz. Von 2007 bis 2012 war er zudem im Stiftungsrat von Swiss Films aktiv.  

Weitere Dokumentarfilme drehte Haupt über zwei Banker, die sich in Südostasien mit einem Hilfswerk für unterprivilegierte Kinder engagieren ("Child's Dream – Zwei Banker auf Sinnsuche", CH 2012), und über die Kathedrale Sagrada Família in Barcelona ("Sagrada", CH 2012).  

Ein besonderer Erfolg gelang ihm mit dem Spielfilm "Der Kreis" (CH 2014), über die Blütezeit und den Niedergang der Zürcher Schwulenorganisation und gleichnamigen Zeitschrift Der Kreis, die sich von 1943 bis 1967 für die Rechte von Homosexuellen einsetzte. Im Panorama der Berlinale 2014 erhielt der Film sowohl den Teddy Award als auch den Panorama-Publikumspreis; beim Schweizer Filmpreis wurde er als Bester Spielfilm, für das Beste Drehbuch und den Besten Darsteller (Sven Schelker) ausgezeichnet. Bei den Oscars 2015 vertrat "Der Kreis" die Schweiz in der Kategorie Bester internationaler Film.  

Haupts historischer Spielfilm "Zwingli. Der Reformator" (CH/DE 2018) über den Reformator Ulrich Zwingli war der erfolgreichste Schweizer Kinofilm 2019 und wurde ebenfalls mehrfach ausgezeichnet. Von der Theologischen Fakultät der Universität Zürich wurde Haupt anlässlich des Films ein Ehrendoktortitel verliehen.  

Nach zwei weiteren Dokumentarfilmprojekten ("Zürcher Tagebuch", 2020; "Margreet Honig – Der freie Ton", 2023) stellte Haupt beim Münchner Filmfest 2025 die prominent besetzte Max-Frisch-Verfilmung "Stiller" (DE/CH 2025) vor. Der deutsche Kinostart erfolgte im Oktober 2025.