Werner Kubny war nach dem Studium an der Folkwangschule und der Universität Gesamthochschule Essen zunächst als Kameramann für mehr als 90 Filme in den Genres Dokumentarfilm, Kinderspielfilm und TV-Serien verantwortlich. Seit 1983 realisiert er Filme als Autor und Regisseur in seinen eigenen Produktionsfirmen, der Werner Kubny Filmproduktion und der Kubny & Schnell Film und Fernsehproduktion Köln, überwiegend Dokumentationen, Porträts und Reportagen fürs Fernsehen.

Im Kölner Filmhaus leitet er Seminare zum Dokumentarfilm. Neben anderen Preisen und Auszeichnungen erhält er 1996 und 1999 den Grimme-Preis, 1996 zusammen mit Axel Hofmann für den Dokumentarfilm "Taubenliebe" und 1999 zusammen mit Volker Anding und Enno Hungerland für den Dokumentarfilm "Ratten".