Roman Knižka wuchs als Sohn einer Sängerin und eines slowakischen Choreographen in einem kreativen Umfeld auf.
Nach der Schule absolvierte er an der Dresdener Semperoper und am Staatsschauspiel Dresden eine Ausbildung zum Theatertischler und Dekorateur, bevor er die Westfälische Schauspielschule in Bochum besuchte. Theatererfahrung sammelte er unter anderem durch Rollen in "Von Mäusen und Menschen" (Neue Schaubühne München), "Romeo und Julia" (Landestheater Dinslaken) und "Brennende Finsternis" (Schauspielhaus Bochum). 1995 wurde er von der Zeitschrift "Theater heute" zum "Nachwuchsschauspieler des Jahres" gewählt.

1996 spielte er an der Seite von Til Schweiger in Urs Eggers TV-Spielfilm "Die Halbstarken", einem Remake des Klassikers von 1956, den schüchternen Bruder Jan der draufgängerischen Hauptfigur Freddy Borchert.

Neben zahlreichen TV-Filmen und Serien (u.a. Rollen in Tatort, Rosa Roth und Schimanski) drehte Knižka auch von Beginn seiner Karriere an Kinofilme: In "Schlaraffenland" (1999, Regie: Friedemann Fromm) verkörperte er den Wachmann eines Kaufhauses, der auf krumme Touren geht, während seine Figur Benno in "Vergiss Amerika" (2000, Regie: Vanessa Jopp) durch den Handel mit amerikanischen Autos ein Stück dem tristen Alltag seiner Heimatstadt entkommen will. Viel Ahnung vom Tod, aber keine vom Leben hat der Wiener Totengräber Ludwig, den Roman Knižka in "Vienna" (2001, Regie: Peter Gersina) spielt. Als geistig behinderter und liebessehnsüchtiger Josch lieferte er in Sven Taddickens "Mein Bruder der Vampir" (2001) eine Glanzleistung. Für Sebastian Heinzel kommentierte er als Sprecher den Dokumentarfilm "89 Millimeter" (2004) über das Leben junger Menschen in Weißrussland. In der mit dem Max Ophüls Preis ausgezeichneten Komödie "Reine Geschmacksache" (2006) von Ingo Rasper ist Knižka ein Vertreter für Damenoberbekleidung, der beim Sohn eines Konkurrenten erste Frühlingsgefühle auslöst.

Roman Knižka lebt in Berlin.