Helmut Herbst wird 1934 in Waldbröl/Escherdorf im Rheinland geboren. Von 1955 an studiert er Kunstgeschichte und Malerei an der Universität Hamburg und an der HfbK. 1959 geht er mit einem Stipendium nach Paris, um sein Malerei-Studium zu vertiefen. In dieser Zeit ist er Stammgast in der Cinémathèque Française, wo sein Interesse für das Kino geweckt wird.

1958 entsteht mit "Multiplane" sein erster Animationsfilm. Über Klaus Wildenhahn bekommt Herbst dann Kontakt zu der Redaktion der NDR-Sendung "Panorama", für die er ab1961 Tricksegmente dreht. 1962 gründet er die Firma cinegrafik in Hamburg. Das Studio hat im Laufe der Jahre bis zu 9 Mitarbeiter und produziert etliche Zeichentricksequenzen (beispielsweise für die "Sesamstraße" und Kinderfilme des NDR und WDR) sowie satirische Animationsfilme für die NDR-Magazine "Panorama" und "Hallo Nachbarn".

Neben Animationen für Industriefilme und Fernsehsendungen entstehen auch eigene Filme wie "Kleine Unterweisung zum glücklichen Leben" (1963), "Schwarz-Weiß-Rot" (1964) und "Der Hut oder Mondo uovo" (1965). Ab 1965 betätigt sich Herbst auch als Produzent unabhängiger Filme von Autoren wie Hellmuth Costard, Harun Farocki und Franz Winzentsen.

Herbst ist eines der Gründungsmitglieder der vom amerikanischen Undergroundkino inspirierten Hamburger Filmmachercooperative, welche 1967 ins Leben gerufen wird. Von 1968 an dreht er medienkundliche und kunsthistorische Dokumentationen für das Fernsehen. Eine Trilogie zur Kunstgeschichte des 20. Jahrhunderts ("Deutschland DADA", 1968; "John Heartfield, Fotomonteur", 1977; "Happening Kunst und Protest 1968", 1979) entsteht ebenso wie Dokumentationen über das Medium Film (u.a. "Synthetischer Film oder wie das Monster King Kong von Phantasie & Präzision gezeugt wurde", 1975).

Von 1969 bis 79 ist Herbst Dozent an der Deutschen Film- und Fernsehakademie in Berlin (DFFB). In dieser Zeit beschäftigt sich Herbst mit Filmtheorie und veröffentlicht erste wissenschaftliche Arbeiten. Mit "Die Phantastische Welt des Matthew Madson" versucht sich Herbst am Science-Fiction-Genre. Der Film, dessen Drehbuch in Zusammenarbeit mit Klaus Wyborny entsteht, wird 1974 im ZDF ausgestrahlt.

1979 ist Herbst ein Mitbegründer des Hamburger Filmbüros. Die Besetzung des cinegrafik-Studios wird auf 2 Mitarbeiter reduziert. Herbst ist derweil weiterhin als Dozent tätig, und lehrt 1980 an der University of the West Indies in Kingston. 1982 kommt sein Film "Eine deutsche Revolution" in die Kinos, eine Adaption von Kasimir Edschmids "Büchner"-Roman. Ein Jahr später wird sein Animationskurzfilm "Sieben einfache Phänomene" mit dem Bundesfilmpreis in Silber ausgezeichnet.

1985 verlässt die cinegrafik den Ursprungsort Hamburg und zieht in den Odenwald. Im gleichen Jahr wird Herbst Professor an der Hochschule für Gestaltung in Offenbach, wo er bis zum Jahr 2000 lehrt. Währenddessen ist er sporadisch weiter als Regisseur und Drehbuchautor tätig. 1992 dreht er den Spielfilm "Die Serpentintänzerin" mit Ben Becker, Otto Sander und Eva Mattes. 2001 folgt wieder ein Animationskurzfilm, "Container Interstellar", bei dem Klaus Wyborny erneut am Drehbuch beteiligt ist. Mit "Die Kathedrale der neuen Gefühle" entsteht 2006 ein auf "Die Phantastische Welt des Matthew Madson" beruhender Animationsfilm.

Helmut Herbst lebt in Brombachtal-Birkert im Odenwald.