Nach ihrem Studium der Germanistik, Romanistik und der Theater-, Film- und Fernsehwissenschaften in Frankfurt und Paris (1986-1992) arbeitet Annette Ernst zunächst als Journalistin für Zeitungen und Radiosender, veröffentlicht Kurzgeschichten und steht als Moderatorin im Hessischen Rundfunk vor der Kamera. Zur gleichen Zeit sammelt sie in den Funktionen Continuity-Script und Regieassistenz Erfahrungen beim Film und am Theater.

Von 1996 bis 1997 ist sie Stipendiatin der Drehbuchwerkstatt an der HFF München, 1996 realisiert sie ihren ersten Kurzfilm "Wer hat Angst vorm Weihnachtsmann". 2001 gründet sie mit vier Partnern das Medienunternehmen Luna Park 64. Ihr Debüt als Regisseurin eines abendfüllenden Spielfilms gibt sie 2002 mit "Kiss and Run", der 2005 mit dem Grimme Preis ausgezeichnet wird. 2003 ist sie eines von drei Gründungsmitgliedern der Frankfurter Filmproduktion Stoked Film. Das Drehbuch zu Annette Ernsts zweiter Regiearbeit, der Fernsehproduktion "Mein erster Freund, Mutter & Ich" (2003), erhält den Bayerischen Fernsehpreis 2004.