Von der Weltöffentlichkeit weitgehend unbeachtet leidet das nördliche Uganda seit 18 Jahren unter dem nunmehr längsten Krieg in Afrika. Für ihren Kampf gegen die Regierung Ugandas entführen die Rebellen der LRA (Lord′s Resistance Army) Kinder, die zum Mord an ihren Mitmenschen gezwungen werden.

"Lost Children" porträtiert vier Jugendliche im Alter von 8 bis 14 Jahren, die den Rebellen entkommen konnten und nur den Wunsch haben, wieder Kind sein zu dürfen. Doch zu Hause werden sie als Mörder verfemt.