"Gendernauts" erforscht das Phänomen von Trans-Geschlechtlichkeit. Ort: San Francisco, Zeit: am Anfang des neuen Jahrtausends. Der Film zeigt "Gender-Mixer" und sexuelle Cyborgs, die ihre Körper mit Hilfe neuer Technologien und Biochemie verändern und damit die Identität von "männlich" und "weiblich" in Frage stellen. Auf die Frage: "Sind Sie ein Mann oder eine Frau?" antworten die Gendernauten mit "Ja".
"Gendernauts" stellt uns eine Gruppe faszinierender Künstler in Kalfornien vor, die zwischen den Polen herkömmlicher Geschlechter-Identität leben. Wie die Kosmonauten durch das Weltall und die Cybernauten durch die Netzkultur, so reisen die Gendernauten durch die vielfältigen Welten der Sexualität.