16. Jahrhundert, in den peruanischen Anden: Eine Expedition spanischer Conquistadores ist auf der Suche nach El Dorado, dem sagenhaften Goldland der Inkas. Der machtbesessene Unterführer Aguirre reißt das Kommando über einen Voraustrupp an sich, der auf Flößen den Amazonas herab fahren und die Gegend erkunden soll. Aguirre erklärt den spanischen König für abgesetzt und einen mitreisenden Adligen zum "Kaiser von El Dorado". Dann stößt er mit den Flößen weiter ins Land vor, inmitten einer feindlichen Umwelt, bedroht durch die Giftpfeile der Indianer, Hunger, Erschöpfung, Krankheit und Meuterei. Die Gruppe wird immer weiter dezimiert. Am Ende sehen wir Aguirre dem Wahnsinn verfallen, auf einem von Leichen bedeckten Floß, das den Amazonas hinabtreibt.